www 454 com Секвенаторы нового поколения от Roche

www. 454. com Секвенаторы нового поколения от Roche Diagnostics для биомедицины Кбн Салим Смаилов 22 мая 2012

Секвенирование (расшифровка) ДНК фундамент современной биомедицины, мощный инструмент, дающий массу возможностей для специалистов ДНК

Пиросеквенатор модель «GS FLX+» Производительность : 800 Млн нукл Длительность запуска : 23 час Длина считываемого фрагмента ДНК: до 1000 нукл Точность: 99, 9 % Мин кол-во ДНК: 250 нг

Технология пиросеквенирования Один фрагмент ДНК на один микрошарик One bead One fragment Исходная ДНК фрагментируется Каждый фрагмент связывается с 1 микрошариком One well После эмульсионной ПЦР микрошарики несущие ДНК помещаются в микроячейки One read При синтезе ДНК происходит детекция пирофосфата и излучение света Световые сигналы образуют точную последовательность 4

Программное обеспечение доступно 1 обученному оператору GS Run Browser GS De Novo Assembler GS Reference Mapper GS Amplicon Variant Analyzer

• Преимущества технологии Roche – Длина считываемого фрагмента: самая быстрая сборка считываний отдельной ДНК длиной до 800 -900 нуклеотидов без пробелов – Качество: технология Roche точно определяет каждый нуклеотид – Размер фрагмента и качество считывания: позволяют быструю и точную сборку последовательности исследуемой ДНК и выявление всех мутаций

Быстрая сборка без пробелов Coverage Фрагмент Контиг Скаффолд Последовательность www. roche-applied-science. com 7

Выводы по расшифровке генома супертоксичного летального штамма E. coli O 104 в 2011 г -Последовательность полученная в HPA (Великобритания) на пиросеквенаторе Roche принята как референсная -Точная идентификация и расположение генов устойчивости к антибиотикам и гена шигеллы (вставка гена фага Stx 2 размером 62 к. Б в Wrb. A ген кишечной палочки) – что было невозможно на других системах - Ion Torrent и Illumina -Показано что плазмиды образуют слитную структуру -Исправлены неправильные сборки - После нескольких дней неудачных попыток собрать точный геном эксперты использовали расшифровку на пиросеквенаторе Roche, что заняло несколько минут www. 454. com

Секвенирование генома человека Геном неандертальца Анализ участков генома связанных с болезнями Структурные Вариации Индивидуальные геномы

>1. 500 публикаций в ведущих мировых журналах

Секвенирование для медицины Разработка IVD тестов HIV HLA Leukemia Others • Для диагностики наиболее значимым является таргетное секвенирование, те целевых участков Ультраглубокое секвенирование для онкологии, типирования HLA, лейкемии

Выявление мутаций, приводящих к лейкемии в генах TET 2, CBL, KRAS и RUNX 1 • Набор реагентов для гена RUNX 1 • Набор реагентов для генов TET 2, CBL, KRAS • Для секвенаторах моделей GS Junior and GS FLX • Выявление мутаций частотой 1% и менее с 500 -кратным покрытием

Типирование HLA высокого разрешения на пиросеквенаторах Roche Коммерческие наборы Roche для выявления совместимости донора и пациента методом высокоточного секвенирования

Тест системы для секвенирования Гематология / Онкология TET 2, RUNX 1, KRAS, CBL, NRAS, MPL, JAK 2; Готовятся к выпуску: ATM, BCR-ABL 1, CEBPA, EGFR, EZH 2, FLT 3, MLL, NPM 1, P 53, WT 1 Анализ солидных опухолей: BRAF, C-KIT, EGFR, EML-ALK, FGFR 1, Her 2, HRAS, PIK 3 CA, PTEN, NRAS Генетика человека: • Рак груди и яичника: BRCA 1/2 • Муковисцидоз

Преимущества пиросеквенаторов Roche для медицины • Высокая производительность - до 1 млн. прочтений за один запуск • Длинные прочтения - до 1000 нуклеотидов • Определение редких соматических мутаций (до 1%) • Раздельное секвенирование аллелей - гаплотипирование

« Секвенирование генома остается лучшим средством для предсказания „семейных“ заболеваний, таких как рак. Детальное изучение генома пациента помогает понять механизм протекающего заболевания и подобрать индивидуальную терапию» Берт Фогельштайн (Bert Vogelstein), Профессор онкологии Центра по изучению рака Johns Hopkins Kimmel «Science Translational Medicine, 2012»

Норвежские специалисты намерены секвенировать геном каждого онкологического больного, чтобы назначить ему персонализированную противораковую терапию. Ола Майклбост (Ola Myklebost) University Hospital, Норвегия, май 2012

430 пиросеквенаторов GS FLX+ по всему миру Oslo, Norway Helsinki, Finland Liege, Belgium Saskatoon, Canada Winnipeg, Canada London, England Montreal, Canada Tacoma, Washington New Haven, Connecticut Stanford, California Philadelphia, Pennsylvania Rome, Italy Cantanhede, Portugal Columbia, South Carolina Los Angeles, California Seoul, Korea Paris, France Ankara, Turkey Rockville, Maryland Lincoln, Nebraska Prague, Czech Republic Moscow, Russia Berlin, Germany Heraklion, Greece Delhi, India Tokyo, Japan Shanghai, China Okayama, Japan Caesarea, Israel Gainesville, Florida Las Cruces, New Mexico Taipei, Taiwan Cairo, Egypt Jeddah, Saudi Arabia Mexico City, Mexico Hyderabad, India Belem, Brazil Nairobi, Kenya Chincha Alta, Peru Pathum Thani, Thailand Singapore Brasilia, Brazil Sydney, Australia Perth, Australia Sao Paulo, Brazil Durban, South Africa Rosario, Argentina Melbourne, Australia Dunedin, Zealand New

Более 200 пиросеквенаторов GS Junior по всему миру Oulu, Finland Munich, Germany Tallinn, Estonia London, England Ontario, Canada Corvallis, Oregon Mountain View, Cali Denver, Colorado La Jolla, California Branford, Connecticut New York, New York Beltsville, Maryland Geneva, Switzerland Copenhagen, Denmark Warsaw, Poland Seoul, Korea Marcy L’etoile, France Graz, Austria Tokyo, Japan Barcelona, Spain Nashville, Tennessee Wenzhou, China Atlanta, Georgia Osaka, Japan Taipei, Taiwan Houston, Texas Riyadh, Saudi Arabia Hong Kong, China Quezon City, Philippines Queensland, Australia Perth, Australia Sao Paulo, Brazil Cape Town, South Africa Auckland, New Zealand

Спасибо за внимание !