Скачать презентацию Unipro UGENE универсальная платформа для решения задач Скачать презентацию Unipro UGENE универсальная платформа для решения задач

Bakulina_UGENE.pptx

  • Количество слайдов: 9

Unipro UGENE – универсальная платформа для решения задач биоинформатики Анастасия Бакулина ФБУН ГНЦ ВБ Unipro UGENE – универсальная платформа для решения задач биоинформатики Анастасия Бакулина ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Теоретический отдел

Программа загружается тут: http: //ugene. unipro. ru/ru Unipro UGENE project Программа загружается тут: http: //ugene. unipro. ru/ru Unipro UGENE project

 • Unipro – коммерческая фирма из новосибирского Академгородка, разработка ПО • UGENE ( • Unipro – коммерческая фирма из новосибирского Академгородка, разработка ПО • UGENE ( Ю-джин) – программа, Unipro UGENE project реализующая множество биоинформатических методов, в основном для работы с нуклеотидными последовательностями • Биоинформатика – обработка биологических данных.

Плюсы UGENE • Бесплатно • Разработчики открыты для контакта • Много возможностей Плюсы UGENE • Бесплатно • Разработчики открыты для контакта • Много возможностей

Хорошо и бесплатно? • Программа используется для рекламы фирмы Unipro, участие в выставках помогает Хорошо и бесплатно? • Программа используется для рекламы фирмы Unipro, участие в выставках помогает получать заказы. • Некоторым нужны особенные модификации UGENE – за деньги. • Совместные гранты с академическими институтами.

Поддержка форматов данных • Все популярные форматы: –FASTA, Genbank, Stockholm, PDB, Newick, Nexus(Mega), Clustal. Поддержка форматов данных • Все популярные форматы: –FASTA, Genbank, Stockholm, PDB, Newick, Nexus(Mega), Clustal. W, SAM, BAM… • Автоматическое определение формата • Загрузка из основных баз данных: –NCBI Genbank, Ensembl, PDB, Swissprot…

Визуализация в UGENE • Sequence Viewer • Annotation Editor • Sequence Circular view • Визуализация в UGENE • Sequence Viewer • Annotation Editor • Sequence Circular view • Multiple Alignment Editor • Phylogenetic tree editor • Biopolymer 3 D viewer • Assembly Browser

Алгоритмы UGENE Поддержка множества популярных агоритмов, список постоянно пополняется • Smith-Waterman, Clustal, Muscle, KAlign, Алгоритмы UGENE Поддержка множества популярных агоритмов, список постоянно пополняется • Smith-Waterman, Clustal, Muscle, KAlign, BLAST, Phylip, HMM, Primer 3, Psipred, Bowtie, bwa, Mr. Bayes… • + several dozens more Некоторые алгоритмы уникальны

UGENE Workflow Designer Визуальная среда для автоматизации обработки данных Main Toolbar Elements Library Workflow UGENE Workflow Designer Визуальная среда для автоматизации обработки данных Main Toolbar Elements Library Workflow Scene Element Properties