Unipro UGENE универсальная платформа для решения задач

Unipro UGENE – универсальная платформа для решения задач биоинформатики Анастасия Бакулина ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Теоретический отдел

Программа загружается тут: http: //ugene. unipro. ru/ru Unipro UGENE project

• Unipro – коммерческая фирма из новосибирского Академгородка, разработка ПО • UGENE ( Ю-джин) – программа, Unipro UGENE project реализующая множество биоинформатических методов, в основном для работы с нуклеотидными последовательностями • Биоинформатика – обработка биологических данных.

Плюсы UGENE • Бесплатно • Разработчики открыты для контакта • Много возможностей

Хорошо и бесплатно? • Программа используется для рекламы фирмы Unipro, участие в выставках помогает получать заказы. • Некоторым нужны особенные модификации UGENE – за деньги. • Совместные гранты с академическими институтами.

Поддержка форматов данных • Все популярные форматы: –FASTA, Genbank, Stockholm, PDB, Newick, Nexus(Mega), Clustal. W, SAM, BAM… • Автоматическое определение формата • Загрузка из основных баз данных: –NCBI Genbank, Ensembl, PDB, Swissprot…

Визуализация в UGENE • Sequence Viewer • Annotation Editor • Sequence Circular view • Multiple Alignment Editor • Phylogenetic tree editor • Biopolymer 3 D viewer • Assembly Browser

Алгоритмы UGENE Поддержка множества популярных агоритмов, список постоянно пополняется • Smith-Waterman, Clustal, Muscle, KAlign, BLAST, Phylip, HMM, Primer 3, Psipred, Bowtie, bwa, Mr. Bayes… • + several dozens more Некоторые алгоритмы уникальны

UGENE Workflow Designer Визуальная среда для автоматизации обработки данных Main Toolbar Elements Library Workflow Scene Element Properties