Систематика бактериофагов
ДНК-геномные фаги ФАГИ С двуцепочечной ДНК Семейства Myoviridae, Siphoviridae, Podoviridae, Lipotrixviridae, Guttaviridae, Fuselloviridae, Plasmaviridae, Corticoviridae, Tectiviridae, Rudiviridae, Globuloviridae, Clavaviridae, Ampullaviridae, Bicaudaviridae род Salterprovirus С одноцепочечной ДНК Семейства Microviridae, Inoviridae РНК-геномные фаги С двухцепочечной РНК Семейство Cystoviridae С одноцепочечной РНК Семейство Leviviridae
Классификация фагов на основе морфологии Хвостатые фаги Порядок Caudovirales Бесхвостые нитчатые фаги Семейства Rudiviridae, Inoviridae, Lipotrixviridae Myoviridae, Siphoviridae, Podoviridae Бесхвостые полиэдрические фаги Семейства Microviridae, Corticoviridae, Globuloviridae, Leviviridae, Cystoviridae, Tectiviridae Семейства Бесхвостые плеоморфные фаги Семейства Clavaviridae, Plasmaviridae, Guttaviridae, Ampullaviridae, Bicaudaviridae род Salterprovirus
Myoviridae (mio - греч. мышца) Порядок Caudovirales Семейство Myoviridae Типичный род T 4 –Likevirus Типичный вид Enterobacteria phage. T 4 • Геном двухцепочечная несегментированная линейная ДНК (33 -244 kb), кодирует 40 -450 белков • Голые фаги, имеют головку (50 -110 нм), воротничок, хвостовой отросток , базальную пластинку, 6 коротких и 6 длинных фибрилл. Головка икосаэдрического типа симметрии (Т=13), 132 капсомера (Т 4 фаг).
Podoviridae (Podo – греч. нога) Порядок Caudovirales Семейство Podoviridae Типичный род Bpp 1 -likeviruses Типичный вид Bordetella phage BPP-1 Геном - линейная двухцепочечная ДНК (41 kb) , имеет около 55 генов. Голые фаги. Имеют головку и короткий не сокращающийся хвост. Головка икосаэдрического типа (Т=7) диаметром 60 -65 нм. Капсид состоит из 72 капсомеров. Хвостовой отросток длиной до 15 нм, заканчивается базальной пластинкой с 6 короткими субтерминальными фибриллами.
Порядок (Sipho- греч. труба) Caudovirales Семейство Siphoviridae Типичный род Lambda-like virus Типичный вид Enterobacteria phage lambda Siphoviridae Геном – двухцепочечная линейная ДНК (50 kb), кодирует около 70 генов Голые фаги. Имеют головку и длинный несокращающийся хвост. Головка икосаэдрического типа (Т=7), около 60 нм в диаметре состоит из 72 капсомеров. Хвостовой отросток шириной 8 нм и длиной до 570 нм заканчивается базальной пластинкой с короткими фибрилами.
Microviridae (micro – греч. малый) Геном – одноцепочечная кольцевая ДНК (4, 4 -6 kb), реплицируется через интермедиат двухцепочечную ДНК за механизмом «катящегося кольца» Семейство Microviridae Типичный род Microvirus Типичный вид Enterobacteria phage Phi. X 174 Голые фаги. Капсид шаровидной формы икасаэдрического типа диаметром до 30 нм (Т=1). Капсид состоит из 12 пентогональных воронкообразных пентомеров. Вирион содержит по 60 копий F, G и J белков и 12 копий Н белка. Имеются 12 шипов, состоящие из 5 копий G белка и 1 – Н белка
Tectiviridae (Tecti – лат. покрыт) Геном – двухцепочечная линейная ДНК (15 kb) с инвертированными нуклеотидными повторами на концах комплементарных цепей. Кодирует 30 ОРС. Семейство Tectiviridae Типичный род Tectivirus Типичный вид Enterobacteria phage. PRD 1 Не имеют наружной оболочки. Капсид икосаэдрического типа с псевдосимметрией Т=25. Над поверхностью капсида апикальные шипы до 20 нм длиной. С внутренней стороны капсида находится липопортеиновая мембрана, к которой примыкает ДНК
Corticoviridae (сortico- лат. кора) Геном – кольцевая суперспирализованная двухцепочечная ДНК (10 kb), кодирует 21 белок. Семейство Corticoviridae Типичный род Corticovirus Типичный вид Pseudoalteromonas phage PM 2 Капсид икосаэдрического типа (Т=21), 56 нм в диаметре. Над поверхностью капсида выступают шипы с 5 вершинами на концах. Белки – 1200 Р 1 (капсидные) и 60 Р 2 (составляют шипы). С внутренней стороны капсида находится фосфолипопротеиновая мембрана, к которой примыкает ДНК.
Globuloviridae (globulus - лат. шарик) Семейство Globuloviridae Типичный род Globulovirus Типичный вид Pyrobaculum spherical virus (PSV) Геном – несегментированная линейная двухцепочечная ДНК (20 -30 kb). Имеются инвертированные терминальные повторы. В геноме определено 48 ОРС. Вирионы сферической формы диаметром 100 нм. Имеют оболочку, под которой находится плотно упакованный суперспирализованный нуклеопротеин.
Leviviridae Геном - линейная одноцепочечная +РНК, размером 4 kb, геном кодирует 4 белка. Семейство Leviviridae Типичный род Levivirus Типичный вид Enterobacteria phage MS 2 (MS 2) Без оболочки. Вирион сферический с икосаэдрическим типом симметрии (Т=3), 26 нм в диаметре, состоящий из 180 капсидных белков (СР) и белка А
Cystoviridae (сysto – греч. пузырь, мешок ) Геном – двухцепочечная сегментированная РНК. 3 сегмента Large (L) , Medium (M), Small (S) Кодируют 12 белков. Общий размер генома 13, 3 kb. Семейство Cystoviridae Типичный род Cystovirus Типичный вид Pseudomonas phage Phi 6 Вирион имеет липопротеиновую мембрану, диаметром 85 нм. Капсид икосаэдрического типа, двойной. Наружный капсид имеет Т=13, внутренний - Т=2.
Inoviridae (ino – греч. мышца) Геном – одноцепочечная кольцевая ДНК размером от 4, 5 до 8 kb, кодирует от 4 до 10 белков. Реплицируется через интермедиат двухцепочечную ДНК за механизмом «катящегося кольца» Семейство Inoviridae Типичный род Inovirus Типичный вид Enterobacteria phage M 13(M 13) Вирион без оболочки представлен длинными плотными согнутыми нитями длиной 700 -2000 нм, диаметр 7 нм. Вирион связывается с Fпилями бактериальной клетки с помощью концевого белка g 3 p.
Lipothrixviridae • Геном – линейная двухцепочечная ДНК размером от 15, 9 до 56 kb. Семейство Lipothrixviridae Род Alphalipotrixvirus Вид Thermoproteus tenax virus 1 (TTV-1) Род Betalipotrixvirus Вид Sulfolobus islandicus filamentous virus (SIFV) Род Gammalipotrixvirus Вид Acidianus filamentous virus 1 (AFV-1) Род Deltalipotrixvirus Acidianus filamentous virus 2 (AFV-2) Вирион палочковидной формы имеет липопротеиновую оболочку. Капсид длиной 410 -1950 нм диаметром 24 -38 нм.
Rudiviridae (rudi – лат. маленький стержень) Геном – линейная двухцепочечная ДНК длиной 35 kb. Оба конца имеют инвертированные повторы. Геном кодирует от 45 до 54 ОРС. Семейство Rudiviridae Типичный род Rudivirus Типичный вид Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 1 (SIRV-1) Вирион без оболочки в виде прямой ригидной палочки с тремя хвостовыми фибриллами на одном из концов.
Clavaviridae (clava – латин. палка) Семейство Clavaviridae Род Clavavirus Типичный вид Aeropyrum pernix bacilliform virus 1 (APBV 1) Геном – кольцевая двухцепочечная ДНК. Геном кодирует 14 ОРС, локализованных на одной цепи. Вирион палочковидной формы диаметром 20 нм длиной 140 нм. Один конец закруглён.
Plasmaviridae (рlasma – греч. оформленное) Геном – кольцевая двухцепочечная ДНК длиной 12 kb, кодирует 14 ОРС. Геном интегрируется с бактериальной хромосомой и транскрибируется хозяйской полимеразой. Семейство Plasmaviridae Род Plasmavirus Типичный вид Acholeplasma phage L 2 (L 2) Вирион 80 нм в диаметре, окружён оболочкой и плотной протеиновой капсулой. Из-за отсутствия капсида форма изменчива. Проникновение в клетку с помощью слияния с клеточной мембраной. Выход зрелых частиц – почкованием.
Fuselloviridae Семейство Fuseloviridae Род (fuselo- лат. маленькое веретено) Fuselovirus Типичный вид Sulfolobus spindle-shape virus 1 (SSV-1) Геном – кольцевая двухцепочечная ДНК длиной от 14, 8 до 17, 3 kb, насчитывает от 31 до 37 генов. Геном специфически интегрируется с геномом хозяина или находится в форме плазмиды. Вирион имеет липопротеиновую оболочку, состоящую из гидрофобных белков вируса и липидов хозяина, веретенообразной формы 60 нм шириной и 100 нм длиной, с короткими шипами на одном из полюсов. Выход зрелых вирусных частиц почкованием.
Guttaviridae Геном - кольцевая двухцепочечная ДНК длиной 20 kb. Семейство Guttaviridae Род Guttavirus Типичный вид Sulfolobus newzealandicus droplet-shaped virus Вирион имеет форму капли 70 -95 нм шириной и 110185 нм длиной. Состоит из оболочки, ядра, нуклеокапсида и фибрилл (на остром конце).
Ampullaviridae (аmpulla – лат. бутылка) Геном – двухцепочечная линейная ДНК размером 23, 9 kb, кодирует 56 ОРС. Геном вероятно транскрибируется РНКполимеразой хозяина. Семейство Ampullaviridae Род Ampulavirus Типичный вид Acidianus bottle-shaped virus Вирион имеет форму бутылки, один конец заострён и, вероятно, принимает участие в прохождении ДНК в клетку хозяина. На широком конце имеется необычная структура из 20 тонких фибрилл, прикреплённых к диску. Длина вириона – 250 нм, ширина узкой части – 5 нм, широкой – 80 нм.
Bicaudaviridae (bi-cauda – лат. два хвоста) Геном – кольцевая двухцепочечная ДНК размером 62 kb, кодирует 72 ОРС. Геном интегрируется с хозяйской хромосомой, транскрибируется РНКполимеразой хозяина. Семейство Bicaudaviridae Род Bicaudavirus Типичный вид Acidianus two-tailed virus Вирион лимоновидной формы, предположительно не имеет оболочки.
Salterprovirus Семейство Не определено Род Salterprovirus Типичный вид His 1 virus (His 1 V) Геном – линейная двухцепочечная ДНК размером 15 kb, с инвертированными повторами на концах, кодирует 35 ОРС. Геном имеет терминальные геном-связывающие белки, выполняющие роль праймеров при репликации. Транскрибируется РНК-полимеразой хозяина. Вирион лимоновидной формы, имеет оболочку. На одном из полюсов имеются хвостоподобные короткие фибриллы, проходящие сквозь оболочку.
Скачать презентацию Систематика бактериофагов ДНК-геномные фаги ФАГИ С двуцепочечной
Вирусы бактерий.ppt