Семейства белков Паттерны и профили I курс, весна 2009, О. Н. Занегина
Попарное выравнивание: Множественное выравнивание: Что мы можем узнать нового?
Новый белок с неизвестной функцией ДНК-связывающий участок АТФ – связывающий участок Белок А ДНК-связывающий участок Белок В АТФ – связывающий участок Что можно сказать про новый белок?
В белках можно выделять Мотив кластер малых молекул Site (сайт) домен Полезно заранее знать важные (сходные) участки последовательности/структуры
Домен – компактная, относительно независимо сворачивающаяся структура, относительно консервативная в процессе эволюции. Белки могут состоять из одного или многих доменов. Домен – единица эволюции, структуры и функции белков
Мотив в аминокислотной последовательности Структурный мотив часто встречающийся в набор консервативных остатков, важных белках элемент для функции белка и расположенных на пространственной структуры определенном (обычно коротком) расстоянии друг от друга в последовательности не всегда соответствуют другу Мотив 1 Мотив 2 Мотив 3 Домен из одного или нескольких мотивов Мотив 4 Мотив, не входящий в домен Мотив – широкое понятие
Что тут общее? ? С? ? СR? ? K? ? C? ? ? C Функционально важные остатки Принятая форма записи [GASTPV]-C-x(2)-C-[RKHSTACW]-x(2)-[RKHQ] -x(2)-C-x(5, 12)-C-x(6, 8)-C Паттерн Мотив в аминокислотной последовательности: как искать?
![Выравнивание хорошо изученного семейства Функционально важные остатки x [AT] {CR} K(3) X(2, 4) 4](https://present5.com/presentation/1bd164ae23afa8d6fd45dee821fa4ece/image-8.jpg "Выравнивание хорошо изученного семейства Функционально важные остатки x [AT] {CR} K(3) X(2, 4) 4")
Выравнивание хорошо изученного семейства Функционально важные остатки x [AT] {CR} K(3) X(2, 4) 4 -5 консервативных остатков < > любая а/к Ala или Thr кроме Cys и Arg K-K-K x-x или x-x-x-x / A(2, 4) N- конец C- конец Паттерн Поиск в Uni. Prot Если много лишнего, то увеличиваем паттерн [AC]-x-V-x(4)-{ED} Если находим только «правильные» , то ОК Как создать паттерн?
БД белковых доменов, семейств и функциональных сайтов Содержит описание объектов + описание паттернов, профилей и правил для их обнаружения. Релиз 20. 47 14 -Apr-2009 1547 документов, 1308 паттернов, 845 профилей + 846 Pro. Rule PROSITE ─ биологически значимые сайты, паттерны и профили, http: //www. expasy. ch/prosite/
Найдено лишнее Не найдено нужное Качество паттерна
Скачать презентацию Семейства белков Паттерны и профили I курс весна
1bd164ae23afa8d6fd45dee821fa4ece.ppt