Робота з кластером ІФКС Локальні комп’ютери - система Linux з графічною оболонкою Xwindows Login: students Password: simul 123 startx - запуск Xwindows Під’єднання до кластеру ІФКС через ssh протокол ssh -X thunder або ssh -X students@thunder Загальні команди Linux: cd MATH - перехід у директорію MATH ls або lt - показати список файлів у директорії exit або x - вихід з кластеру make name - компіляція фортранівської програми vi name. f - редактування файлу name. f . /name - запуск програми name на рахунок name. f
Робота з кластером ІФКС Редактор vi Клавіша Esc - основні команди: - перехід у командний режим dd - знищення строки; x - знищення букви 5 dd - знищення 5 строк : q! - вихід з редактора без збереження змін : wq - вихід з редактора із збереженням змін yy - копіювати в буфер одну лінійку 5 yy - копіювати в буфер 5 лінійок p - вставка скопійованої в буфер інформації Перехід у режим редактування: i - вставка перед курсором a - вставка після курсору R – режим заміщення o – вставка нової стрічки s 5 – заміна 5 символів лаві
Пакет молекулярної динаміки SIMUL Вхідні файли: ATOMS - ASCII файл, що містить всі основні параметри МД TABDAT - ASCII файл, що містить таблицю з потенціалами взаємодії PADAT - BINARY файл, що містить координати та швидкості частинок з останньої конфігурації Вихідні файли: PAOUT REPORT PDF TEDAT - BINARY файл, що містить останню конфігурацію - ASCII файл, що містить біжучу інформацію про МД - ASCII файл, що містить парні функції розподілу - ASCII файл, що містить миттєву температуру по кроках Продовження попередньої симуляції: PAOUT cpcp PADAT
Файл ATOMS для задання основних параметрів МД в пакеті SIMUL Перший етап: генерування початкової конфігурації (kstart=0) !!! 500 частинок, однокомпонентна система, маса частинок 6. 633629 E-26 кг, густина 1419. 89 кг/м 3, часовий крок 2 фс, початкова температура 700 К 0, 0110 17500. 0, 0, 150 10, 2, 1 700. , 660. , 740. 11. , 20. 500, 1, 0 6. 633629 E-26, 6. 633629 E-26 'Ar 500', 'LJ ' 0. , . TRUE. 1419. 89, 0. 200 E-14 kstart, ktask nt, nsmax nbloc, kbloc, ngplot t 0, tf, tmin, tmax pcdist, pcfein npart, kra, krb m 1, m 2 (kg) type of pot. , info lin cutoff, analytic force density (kg/m^3), timestep (s)
Файл ATOMS для задання основних параметрів МД в пакеті SIMUL Другий етап: старт з існуючої у файлі PADAT конфігурації (kstart=1) !!! Зміна температури з 700 К до 204. 858 К у межах 195 К-715 К. Перескалювання температури 400 разів кожних 10 х2 кроків 1, 0111 17500. 0, 0, 1 1000, 400 10, 2, 1 700. , 204. 858, 195. , 715. 11, 20. kstart, ktask nt, nsmax nbloc, kbloc, ngplot to, tf, tmin, tmax pcdist, pcfein
Файл TABDAT для задання потенціалів взаємодії в пакеті SIMUL 0. 20000 E-11 0. 10000 E-09 Na-K Бінарна 0. 17800000 E-08 890 763 819 0. 12533300 E-15 0. 12549600 E-15 0. 12557400 E-15 0. 59050000 E-16 0. 59212800 E-16 0. 59290800 E-16 0. 37960000 E-16 0. 38122800 E-16 0. 38200700 E-16 0. 27415300 E-16 0. 27577900 E-16 0. 27655800 E-16 0. 21820400 E-16 0. 21982900 E-16 0. 22060800 E-16 0. 18001000 E-16 0. 18163300 E-16 0. 18241200 E-16. . . система Ar 0. 20000 E-11 0. 10000 E-09 Однокомпонентна 0. 12000000 E-08 система 600 600 0. 41110769 E+06 0. 10036809 E+03 0. 77357161 E+00 0. 24503928 E-01 0. 16838978 E-02 0. 18886026 E-03 0. 29701539 E-04. . . .
Скачать презентацию Робота з кластером ІФКС Локальні комп ютери — система
SIMUL.PPT