Propuestas de estandarización de información biológica en las

Propuestas de estandarización de información biológica en las Américas: El caso del Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia Reunión regional conjunta CHM – IABIN. Cancún, 12 -14 de agosto 2003

Instituto BD Fox pro Excel 97 10 tablas 5 tablas CAR Access XP 15 tablas Interfase VB Arc. View 2 tablas UAESPNN Universidad Oracle 8. 0 27 tablas Interfase Delphi ONG

Consulta distribuida

Gestión distribuida de los datos y la información Interoperabilidad – potencial de integración Acuerdos - Definición de reglas claras Estándares – Consistencia de las estructuras de datos y sus contenidos

Propuestas actuales – GBIF • ABCD Acceso a datos de Colecciones biológicas (iniciativa conjunta CODATA & TDWG) • Di. GIR Recuperación de información genérica en ambientes distribuidos • Dublin Core Metadatos de recursos de información en Internet • GGF Foro global de computación distribuida • OASIS e-Business • TDWG Grupo internacional de trabajo en bases de datos taxonómicas • W 3 C Consorcio World Wide Web

Casos de estandarización a escala nacional / regional • NABIN: Catálogo de metadatos, basado en el estándar de FGDC (solo algunos elementos). Información taxonómica de acuerdo a ITIS. • REMIB: Esquema implícito de representación de información asociada a ejemplares de colección. Compatible con esquemas CODATA-TDWG. Información taxonómica compatible con ITIS. • FGDC: Metadatos geoespaciales. Base para la norma ISO 19115 • NBII: Perfil biológico de metadatos, derivado del estándar FGDC • KNB: Metadatos para documentar datos y conjuntos de datos ecológicos. Esquema XLM disponible en línea. • NBN y ERIM: Perfil de metadatos simplificado, basado en la norma ISO 19115

Acuerdos generales de estandarización • Dublin Core: Estándar de metadatos para documentar recursos de información • Darwin Core: Estándar básico de intercambio de información sobre especímenes • ISO 19115: Estándar de metadatos geoespaciales • ISO 23950: Estándar para recuperación de información (Z 39. 50) • ISO 3166: Códigos de países / ISO 635: Códigos de idiomas • OGC: Diversos esquemas y modelos de interoperabilidad para información geoespacial • XML: Lenguaje de codificación e intercambio de datos • HTML: Lenguaje de presentación de información • HTTP, Z 39. 50, FTP, TCP/IP: Protocolos de intercambio de datos

Necesidades de estandarización de información biológica • Identificación y documentación de recursos de información sobre biodiversidad: Metadatos (perfil biológico FGDC-NBII) • Documentación, representación y organización de registros biológicos (datos primarios: observaciones, colectas, etc. ) • Vocabularios controlados especializados en el área biológica (información taxonómica, ecológica, biogeográfica, etc. )

Propuesta de estandarización SIB - Colombia Estándar de Metadatos Estándar de Registros biológicos Estándar de AAT Tesauros de temas y términos

• Basado en el perfil biológico del FGDC-NBII, con modificaciones puntuales • Permite documentar apropiadamente conjuntos con información taxonómica • Conformado por siete (7) secciones básicas y dos (2) secciones recurrentes (citación y contacto) • 215 elementos (simples y compuestos) en la forma extensiva de las secciones básicas • 50 elementos simples de carácter obligatorio en las secciones básicas Estándar de metadatos para conjuntos de datos biológicos

1. Información de identificación 2. Calidad de los datos 3. Organización de los datos espaciales 4. Información de referencia espacial 5. Entidades y atributos 6. Información de distribución 7. Referencia de metadatos 8. Información de citación 9. Información de contacto • Anexo: formas de representación Estándar de metadatos para conjuntos de datos biológicos

• Menor énfasis en los elementos geoespaciales • Cambios en los valores utilizados en ciertos dominios, para incluir descripciones ajustadas al ámbito neotropical. • En el componente taxonómico, inclusión de las categorías taxonómicas cubiertas por el conjunto de datos. • Eliminación de la descripción temporal como una sección recurrente • Ajuste de la sección de citación a los elementos del Dublin Core Estándar de metadatos para conjuntos de datos biológicos

• Versión digital del estándar disponible en línea: http: //www. humboldt. org. co/sib • Puede ser documentado mediante aplicaciones de distribución libre como M 3 CAT (http: //www. intelec. ca) • Proceso de revisión y verificación de contenidos con miras a proponer un estándar más liviano (reducción, redefinición y reorganización tanto de secciones como de elementos) Estándar de metadatos para conjuntos de datos biológicos

• Registro biológico: Observación y captura de información sobre una unidad biológica, con un referente espacial, temporal y metodológico definidos • Unidad biológica: Cualquier componente de la biodiversidad en los distintos niveles de organización biológica (genes, organismos, ecosistemas) Estándar para documentar registros biológicos

Entidad: ecosistema Evidencia física: imagen ICONS Atributos: tipo de coberturas, fragmentación, conectividad Entidad: espécimen (organismo) Evidencia física: ejemplar de colección bioacústica Atributos: color del iris, largo y ancho del pico, actividad en el momento de la captura Estándar para documentar registros biológicos

• Basado y modificado del perfil biológico del Estándar FGDC/NBII • Se presenta como un estándar independiente, para documentar registros biológicos individuales • Seis (6) secciones básicas y dos (2) secciones recurrentes (citación y contacto) • 88 elementos (simples y compuestos) en las secciones básicas • 33 elementos simples obligatorios en las secciones básicas Estándar para documentar registros biológicos

1. Evidencia física 2. Referente de clasificación 3. Extensión temporal 4. Referente geográfico 5. Atributos registrados 6. Contacto del registro 7. Información de citación 8. Información de contacto • Anexo: formas de representación Estándar para documentar registros biológicos

• Versión electrónica del estándar disponible en línea: http: //www. humboldt. org. co/sib • Modelo lógico de datos propuesto para estructurar bases de datos biológicas • Proceso de desarrollo de DTD para presentación del estándar en XML • Implementación en Colombia por múltiples entidades e iniciativas Estándar para documentar registros biológicos

Importancia de los AAT • Promueven la integridad y consistencia de los datos taxonómicos ingresados en bases de datos (Blum 1998; Escalante et al. 2000) • Facilitan la interoperabilidad entre bases de datos • Facilitan la trascripción de datos taxonómicos provenientes de registros biológicos y por lo tanto aceleran el proceso de sistematización de colecciones de historia natural • Contribuyen a completar y actualizar los inventario de biodiversidad Estándar para la documentación de Archivos de Autoridad Taxonómica

Nombre científico: Atta laevigata Autor: (Smith, 1858) Clasificación: Vespoidea: Formicidae: Myrmicinae: Attini: Atta Estado taxonómico: Valido, nueva combinación Referencia descripción original: – Smith, F. 1858. Catalogue of the hymenopterous insects in the collection of the British Museum. 6. Formicidae. London. 216 pp. Sinonimias: – Atta (Neoatta) sexdens subsp. bolchevista Gonçalves – Atta (Neoatta) laevigata subsp. venezuelensis Gonçalves Otras referencias: – Bolton, B. 1995. A new general catalogue of the ants of the world. Harvard University Press, Cambridge, MA. 504 pp Experto: Norman F. Johnson (The Ohio State University Insect Collection) Adaptado de Hymenoptera Name Server Estándar para la documentación de Archivos de Autoridad Taxonómica

Estándar para la documentación de Archivos de Autoridad Taxonómica

Metadatos Sistema de clasificación Verificación Catálogo taxonómico Nombres relacionados Recursos de información Estándar para la documentación de Archivos de Autoridad Taxonómica

• Información general – Catálogo taxonómico • Información del nombre taxonómico – – – – Nombre del taxón Autor Nivel taxonómico Fuente del taxón Estado taxonómico Tipo de estado Fuente del Estado – Información de contacto – Anexos Estándar para la documentación de Archivos de Autoridad Taxonómica

• No existe un estándar que defina explícitamente las secciones y elementos que conforman un AAT • El estándar de AAT desarrollado por el SIB-IAv. H se basa en las propuestas de Bisby (1994), Berendsohn (1997) e ITIS (2001) • Considera completamente los códigos de nomenclatura botánico (Greuter et al. 2000) y zoológico (ICZN 2000) • Permite la documentación de los sistemas de clasificación • Todos los atributos definidos están sustentados por referencias bibliográficas Estándar para la documentación de Archivos de Autoridad Taxonómica

• Versión electrónica del estándar disponible en línea: http: //www. humboldt. org. co/sib • Aplicación de libre acceso para descargar desde el sitio Web del SIB (Windows 98 o superior; motor Jet) • Estructura recomendada de datos, guías de usuario, enlaces y documentación adicional Estándar para la documentación de Archivos de Autoridad Taxonómica

ü El caso de Colombia demuestra como se pueden desarrollar, adaptar y adoptar estándares que satisfagan las necesidades de gestión de información al nivel nacional, al tiempo que aseguran la interoperabilidad con iniciativas similares a escala regional y global ü Si bien los estándares son necesarios, lo importante es crear capacidad para que puedan ser implementados y aprovechados en la gestión de información sobre biodiversidad Conclusiones y recomendaciones

Juan Carlos Bello S. Instituto Humboldt. jcbello@humboldt. org. co http: //www. humboldt. org. co/sib