Plateforme Métabolisme. Metabolome Conseil de la Recherche, 28 octobre 2010
Tutelle : IFR 87 La plante et son environnement Age : Officiellement inaugurée en 2006 Personnel (5) : 2 IE, 1 IR, 1 AI, 1 T (CNRS ou UPS) ISV INRA Moulon ESE IBP Localisation : IBP Prestations : isotopiques et métabol(om)iques
Constitution de la Plateforme Prestations isotopiques (IBP) Prestations métabolome Ghashghaie) (JL Prioul G. Noctor) 2007 départ 2008 TOF-MS 2009 (G Tcherkez JL Prioul G Noctor) IR CNRS (Mvt Int. ) AI CNRS 2 nd spectromètre de. LCs et TOF masse isotopique (J. -MS 2006 T CNRS 2005 IE UPS (E. Deléens) fin 2004 IE CNRS 1 er spectromètre de masse isotopique 1999 IE UPS 1995
Types d’analyses réalisées Isotopes (13 C/12 C, 15 N/14 N): Gaz ou matière organique (EA-IRMS) ou composés purifiés (HPLC-EA-IRMS) Extraits dérivés, dans un solvant: GC-C-IRMS. Analyses à façon uniquement. Axées surtout sur la spectrométrie de masse TOF ou magnétique Metabol(om)ique: Analyse TOF d’extraits dérivés, dans un solvant : GC-TOF Quantification absolue des amino-acides et pyridine nucléotides: HPLC and UPLC Analyse TOF d’extraits aqueux: LC-TOF.
Santé financière de la Plateforme Chiffre d’affaire Financement de l’équipement (cumulé sur les 6 dernières années soit 815 000 €) A rajouter en 2008 -2009: PRES Univer. Sud « Réseau métabolome » Techniquement, l’entité financière de la Plateforme est une convention du SAIC et donc souffre du non-report des crédits d’une année sur l’autre Utilisation du chiffre d’affaire: fonctionnement, petits renouvellements, réparations
Diffusion www. pmm. u-psud. fr Site internet Plaquette publicitaire d’information Séminaires et affiches de présentation Journée IFR 87, Journées Inter-IFR, INRA Versailles, Réseau Français de F Affiliation des articles scientifiques
Démarche qualité Plateforme sous démarche-qualité Manuel-qualité et maîtrise documentaire Procédures obligatoires ISO 9001 en place CDD-qualiticien 2 me semestre 2009 (contrat IFR) Amélioration hygiène et sécurité (en cours) Couverture PC&E Evaluateurs de qualité positifs Questionnaire de satisfaction client (chaque mois de Juin) Suivi de fidélité des clients Qualité scientifique : publications (2005 -2009, 30 pub. indiquant la Plateforme explicitement ou dans les acknowledgements) Qualité technique : comparaison d’analyses (INRA Versailles, LSCE, fournisseur)
Thématiques de recherche impliquant de près la Plateforme - Membres du comité exécutif: opération et régulation du métabolisme primaire Bilans isotopiques et respiration (J. Ghashghaie) Fluxomique du métabolisme carboné primaire et respiration (G. Tcherkez) Interactions entre métabolismes du C et N (G. Tcherkez & M. Hodges) Mécanismes réactionnels d’enzymes-clef (G. Tcherkez) Metabolomique, signalisation oxydative et régulation (G. Noctor) -Autres équipes: caractérisations métaboliques et physiologiques, bilans de carbone des écosystèmes Caractérisation métabolique de mutants développementaux ou respiratoires (A. thaliana, Maïs, Tabac, etc. ): INRA de Versailles et du Moulon, ENS-Lyon, IBP, … Bilans carbonés isotopiques à l’échelle de l’écosystème et de l’arbre: ESE, LSCE-CEA Saclay Radioprotection et diagnostic des sites nucléaires: ISRN Qualité et résistance à la sécheresse chez le blé : Arvalis Dynamique de la sédimentation lacustre: Sc. de la Terre UPS
Développements envisagés 1 - Optimisation informatique Support et facilitation du traitement de données internes Consultation des plateformes partenaires Réseau Métabolome PRES 2009 (50 000 €) Données d’acquisition métabolomique Archivage Extraction des données Compilation Vérifications, intégration Statistique Base de données Consultable/interrogeable Résultats client
2 - Spectrométrie RMN à vocation métabolique (et non structurale) IRMS : abondances naturelles, engagements métaboliques inférés, contributions de plusieurs sources de C ou N, etc. Aspect fluxome et compositions isotopiques positionnelles: font défaut Traçage métabolique, interactions 13 C/15 N ou 13 C/D, fluxome avec le marquage 13 C, phosphorylome avec la 31 P-RMN, métabolisme in vivo Projet Sésame en cours d’évaluation (45% du montant) 55% restants à trouver !
Principaux plateaux techniques métabolomiques fluxomiques/RMN métabolique isotopiques Univ. Lille Caen INA-PG Univ. Rennes INRA Nancy ULP Strasbourg INRA Versailles. PMM Univ. Nantes INRA/UBP Clermont Univ. Bordeaux II CEA Grenoble INRA Bordeaux CEF Montpellier Univ. Marseille -Association des différentes techniques sur une même plateforme -La fluxomique en ferait un pôle unique francilien
Conclusion et perspectives Plateforme qui s’est bien développée ces dernières années, notamment grâce à l’IFR 87 et aux collectivités locales (équipement) Autonome pour financer son fonctionnement (sur marge du chiffre d’affaire) mais pas pour l’équipement. Budget pour équipements supplémentaires ou renouvellement : IFR 87 renouvelé : on verra sur projets (Astre, Sésame, PRES, etc. ) devient urgent pour un spectro isotopique (qui a 20 ans) Potentialités du label IBISA ?
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