Onco. Carta компании Sequenom Профилирование соматических мутаций в

Onco. Carta компании Sequenom Профилирование соматических мутаций в образцах опухолевых тканей Афанасьев Анатолий

Onco. Carta Панели • Скрининговый анализ редких мутаций во всевозможных образцах опухолевых тканей для обнаружения биомаркеров и валидации

Onco. Carta Панели • Зона действия Охватывает более 500 клинически значимых мутаций, ассоциированных с более чем 50 онкогенами и опухолевыми генами-супрессорами, связанными с различными видами рака

Onco. Carta Панели • Экономически-выгодный скрининг Onco. Carta v. 1. профилирует более чем 235 мутаций в 19 онкогенах, для этого достаточно 24 лунок планшета и всего 20 нанограмм ДНК на каждую реакцию (480 нанограмм в общей сложности)

Onco. Carta Панели • Высокая чувствительность Возможность анализа мутаций с низкой частотой (менее 10 %) в разнообразных образцах как фиксированных тканей (формалин-парафин, замороженных), так и в нативных биоматериалах (опухолевая биопсия, образцы клеточных линий)

Onco. Carta презентация 1. Обзор Панели — готовые к использованию наборы — возможность создание своих собственных панелей 2. Состав набора и лабораторный анализ 3. Аналитическое программное обеспечение

Основы принципа работы системы Thomas R. K. et. al. (2007) Nature Genetics; 39(3): 347 -351 Vivante A. et al. (2007) Leukemia; 21: 1318 – 21 — Обладает несравнимо большей чувствительностью и точностью, чем традиционный метод секвенирования по Сэнгеру — Весьма эффективна для анализа смешанных образцов тканей из здоровых и опухолевых клеток

Onco. Carta Panel v 1. 0 Валидация Взаимосвязь онкогенетической мутации и конкретного вида опухоли. Образцы получены из фиксированных биоматериалов Mutation Profiling in Tumor Samples using the Sequenom Onco. Carta™ Panel Pearce, Marisa et. al. (2009) Nature Methods June

Onco. Carta Panel v 1. 0 Валидация Слева общее количество широко известных мутаций, справа мутации, обнаруженные впервые с помощью онкопанели Sequenom

Onco. Carta высокочувствительная скрининговая панель • Внезапные, редкие и потенциальные онкогенетические мутации могут присутствовать во многих широко известных видах опухолей • Онкопанель позволит вам обнаружить мутации , встречающиеся даже в следовых количествах от общего количества клеток в исследуемом образце Mutation Profiling in Tumor Samples using the Sequenom Onco. Carta™ Panel Pearce, Marisa et. al. (2009) Nature Methods June

Обзор рецептора эпидермального фактора роста и связанных с ним сигнальных путей 71 — количество мутаций, ассоциированных с этим геном. Данные получены в результате анализа на Онко. Картах версии 1 -3 * Мишени, на которые воздействуют разрешенные к применению фармпрепараты

Распознание онкоассоциированных генов позволяет применить адресную медикаментозную терапию Онкоген и соответствующий ему фармпрепарат для персональной онкотерапии Фармпрепарат Гены AKT BCR — ABL BRAF EGFR FLT 3 HER 2/ne o JAK 2 KIT PDG К A/B VEGFR 1 VEGFR 2 Dasanatib ˅ ˅ ˅ Erlotinib ˅ ˅ Gefitinib ˅ Imatinib ˅ ˅ ˅ Lepatinib ˅ ˅ ˅ Nilotinib ˅ ˅ ˅ Pazopanib ˅ ˅ ˅ Sorafenib ˅ ˅ Sunitinib ˅ ˅ ˅ ˅ Табл 1. Доступные на рынке фармпрепараты, которые угнетают действие разных видов киназ, инициаторов мутаций и гиперэкспрессий генов в различных видах рака

Онкопанели Sequenom для анализа соматических мутаций Онко. Карта версия 1. 235 мутаций в 19 генах Онко. Карта версия 2. 152 мутации в 18 генах Онко. Карта версия 3. 148 мутаций в 26 генах Меланома. Карта версия 1. 73 мутации в 20 генах В общей сложности обнаруживаются 535 мутации в 50 онкоассоциированных генах и генах опухолевой супрессии

Onco. Carta v. 4 Панель для анализов • 535 мутаций в 54 онкоассоциированных генах и генах опухолевой супрессии ABL 1 AKT 2 AKT 3 APC BRAF CDK 4 CDKN 2 A CSF 1 R CTNNB 1 CXCR 4 EGFR EPHA 10 EPHB 6 ERBB 2 ERBB 4 FBX 4 FBXW 7 FGFR 1 FGFR 2 FGFR 3 FLT 3 GNA 11 GNAQ HRAS JAK 2 JAK 3 KIT KRAS MAP 2 K 1 PTK 2 B PTPN 11 RB 1 RET ROR 2 SOS 1 SRC STK 11 TP 53 VH

Lung. Carta для обнаружения рака лёгких

Метаболизм в рецепторе эпидермального фактора роста при лёгочной аденокарциноме Легочная онкокарта для профилирования соматических мутаций (в комплект входит набор реагентов и on — line поддержка) Отдельно предлагается Панель EML 4 — ALK для идентификации транслокаций

Onco. Carta для обнаружения рака толстого кишечника Высокопроизводительный, экономически эффективный и простой метод для детекции клинически значимых мутационных «горячих точек» при раке толстого кишечника • Онко карта работает при минимальном количестве ДНК — всего 1 нанограмм • Одинаково хорошо работает как с ДНК из формалин-парафин фиксированных тканей, так и с ДНК, извлеченной из живых клеток • Возможность обнаружения аллелей с частотой 5% Быстрый, чувствительный, воспроизводимый и экономически эффективный метод для профилирования мутаций при раке толстого кишечника и обнаружения метастазов в лимфатических узлах. Fumagalli et al. , BMC Cancer 2010, 10:

Onco. Carta для обнаружения рака толстого кишечника • Анализирует 239 видов мутаций рака толстого кишечника и 39 мутаций при метастазах в лимфатических узлах в формалин-парафин фиксированных образцах (Онко. Карта версии 1) • Определяет мутации в 7 генах, таких как KRAS (протоонкоген), PIK 3 CA (Фосфоинозитид-3 -киназа), BRAF (протоонкоген), NRAS (нейробластома) и других, в том числе определяет по ABL 1 и МЕТ, которые ранее не обнаруживались при раке толстого кишечника

Onco. Carta для обнаружения рака толстого кишечника • 24 протокола были распределены по 6 мультиплексам • Высокая степень воспроизводимости – 100% идентичные результаты Быстрый, чувствительный, воспроизводимый и экономически эффективный метод для профилирования мутаций при раке толстого кишечника и обнаружения метастазов в лимфатических узлах. Fumagalli et al. , BMC Cancer 2010, 10:

Onco. Carta для обнаружения рака толстого кишечника • Платформа Sequenom ® обеспечивает передовую технологию скрининга многих мутантных горячих точек в раковых образцах • Секвенирование по Сэнгеру стоит в 40 раз дороже и требует минимум в два раза больше ДНК для исследования. Более того, платформа Sequenom обладает несравнимо большей чувствительностью, чем секвенирование по Сэнгеру • Платформа Sequenom ® и панели Онко. Карта обеспечивают простой, воспроизводимый, чувствительный, экономически-выгодный метод для обнаружения горячих точек генома, в том числе и в деградированной ДНК, выделенной из архивных формалин-парафин фиксированных биоматериалов Быстрый, чувствительный, воспроизводимый и экономически эффективный метод для профилирования мутаций при раке толстого кишечника и обнаружения метастазов в лимфатических узлах. Fumagalli et al. , BMC Cancer 2010, 10:

Onco. Carta презентация • 1. Обзор Панели • 2. Состав набора и лабораторный анализ • 3. Программное обеспечение

Onco. Carta протокол i. PLEX ДНК ПЦР 150 мин Щелочная фосфотаза 50 мин Доавочный праймер 240 мин Масс-спектр ометр 60 мин ПЦР 5 мкл ЩФ 2 мкл Праймер 2 мкл Вода 16 мкл 25 мкл. ПЦР для удобства может быть запущена на ночь, далее любой из этапов (отмывка щелочной фосфатазой, добавление праймера, анализ на масс-спектрометре) проводится в удобное для вас время

Onco. Carta – комплексное решение Состав набора ПЦР and i. PLEX ® Pro Реагенты (384 x 10) — набор реагентов с 10 Ген II Spectro. CHIPs ® — Предварительно смешанные олигонуклеотиды — мультиплекс — 24 ПЦР пробирки — 24 пробирки с добавочными праймерами Софт для обработки данных анализа — Компакт-диск с дополнением к Typer 4. 0 — Руководство для пользователя

Что вам необходимо, чтобы запустить Onco. Carta ? • требования по образцам ДНК — всего 20 нанограмм ДНК на каждую реакцию — получение — как из нативных образцов (ткани, телесные жидкости, клеточные линии), так и из фиксированных биоматериалов (заморозка, формалин-парафин)

Что вам необходимо, чтобы запустить Onco. Carta ? • требования для создания протокола анализа секвенирования — Список интересующих исследователя областей ДНК ( rs ) rs 5665879 rs 12358 rs 256889 rs 45568 rs 6899574 rs 1998756 rs 25423 rs

Что вам необходимо чтобы запустить Onco. Carta ? • +/- 200 пар оснований из фланговых последовательностей исследуемой мутации – даже в виде простого буквенного текста! — Файл представляет собой текстовый файл с разделителями табуляции — Две колонки: SNP_ID и последовательность — Интересующее SNP демаркированы стандартной скобкой, например ([ A / G ]; [A/-]; [A/G/T])

Набор инструментов создания протокола анализа • On-line поддержка My. Sequenom. com

Программное обеспечение для создания анализа • пользователи используют базы My. Sequenom. com в качестве исходных данных • программное обеспечение создает последовательности ПЦР праймеров и добавочных праймеров для всех анализов • взаимосочетаемость мультиплексов в одной лунке • позволяет добавлять или изменять существующие анализы (усиливать /ослаблять)

Onco. Carta презентация • 1. Обзор Панели • 2. Состав набора и лабораторный анализ • 3. Программное обеспечение. Отчет по онкомутациям.

Аналитический отчет – TYPER Analyzer Software

Аналитический отчет – TYPER Analyzer Software

Аналитический отчет – TYPER Analyzer Software

Анализ онкомутаций по протоколу Typer 4. 0 Analyzer

Отчет по онкомутациям • Позволяет вам самостоятельно устанавливать границы величины мутационного события

Благодарю за внимание! Ваши вопросы? ? ?