Onco Carta компании Sequenom Профилирование соматических мутаций в

Onco. Carta компании Sequenom Профилирование соматических мутаций в образцах опухолевых тканей Афанасьев Анатолий

Onco. Carta Панели • Скрининговый анализ редких мутаций во всевозможных образцах опухолевых тканей для обнаружения биомаркеров и валидации

Onco. Carta Панели • Зона действия Охватывает более 500 клинически значимых мутаций, ассоциированных с более чем 50 онкогенами и опухолевыми генами-супрессорами, связанными с различными видами рака

Onco. Carta Панели • Экономически-выгодный скрининг Onco. Carta v. 1. профилирует более чем 235 мутаций в 19 онкогенах, для этого достаточно 24 лунок планшета и всего 20 нанограмм ДНК на каждую реакцию (480 нанограмм в общей сложности)

Onco. Carta Панели • Высокая чувствительность Возможность анализа мутаций с низкой частотой (менее 10 %) в разнообразных образцах как фиксированных тканей (формалин-парафин, замороженных), так и в нативных биоматериалах (опухолевая биопсия, образцы клеточных линий)

Onco. Carta презентация 1. Обзор Панели - готовые к использованию наборы - возможность создание своих собственных панелей 2. Состав набора и лабораторный анализ 3. Аналитическое программное обеспечение

Основы принципа работы системы Thomas R. K. et. al. (2007) Nature Genetics; 39(3): 347 -351 Vivante A. et al. (2007) Leukemia; 21: 1318 – 21 - Обладает несравнимо большей чувствительностью и точностью, чем традиционный метод секвенирования по Сэнгеру Весьма эффективна для анализа смешанных образцов тканей из здоровых и опухолевых клеток

Onco. Carta Panel v 1. 0 Валидация Взаимосвязь онкогенетической мутации и конкретного вида опухоли. Образцы получены из фиксированных биоматериалов Mutation Profiling in Tumor Samples using the Sequenom Onco. Carta™ Panel Pearce, Marisa et. al. (2009) Nature Methods June 2009

Onco. Carta Panel v 1. 0 Валидация Слева общее количество широко известных мутаций, справа мутации, обнаруженные впервые с помощью онкопанели Sequenom

Onco. Carta высокочувствительная скрининговая панель • Внезапные, редкие и потенциальные онкогенетические мутации могут присутствовать во многих широко известных видах опухолей • Онкопанель позволит вам обнаружить мутации, встречающиеся даже в следовых количествах от общего количества клеток в исследуемом образце Mutation Profiling in Tumor Samples using the Sequenom Onco. Carta™ Panel Pearce, Marisa et. al. (2009) Nature Methods June 2009

Обзор рецептора эпидермального фактора роста и связанных с ним сигнальных путей 71 - количество мутаций, ассоциированных с этим геном. Данные получены в результате анализа на Онко. Картах версии 1 -3 * Мишени, на которые воздействуют разрешенные к применению фармпрепараты

Распознание онкоассоциированных генов позволяет применить адресную медикаментозную терапию Онкоген и соответствующий ему фармпрепарат для персональной онкотерапии Фармпрепарат AKT Dasanatib Erlotinib Gefitinib Imatinib Lepatinib Nilotinib Pazopanib Sorafenib Sunitinib BCR-ABL BRAF EGFR FLT 3 Гены HER 2/neo JAK 2 KIT PDGК A/B VEGFR 1 VEGFR 2 ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ ˅ Табл 1. Доступные на рынке фармпрепараты, которые угнетают действие разных видов киназ, инициаторов мутаций и гиперэкспрессий генов в различных видах рака

Онкопанели Sequenom для анализа соматических мутаций Онко. Карта версия 1. 235 мутаций в 19 генах Онко. Карта версия 2. 152 мутации в 18 генах Онко. Карта версия 3. 148 мутаций в 26 генах Меланома. Карта версия 1. 73 мутации в 20 генах В общей сложности обнаруживаются 535 мутации в 50 онкоассоциированных генах и генах опухолевой супрессии

Onco. Carta v. 4 Панель для анализов • 535 мутаций в 54 онкоассоциированных генах и генах опухолевой супрессии ABL 1 AKT 2 AKT 3 APC BRAF CDK 4 CDKN 2 A CSF 1 R CTNNB 1 CXCR 4 EGFR EPHA 10 EPHB 6 ERBB 2 ERBB 4 FBX 4 FBXW 7 FGFR 1 FGFR 2 FGFR 3 FLT 3 GNA 11 GNAQ HRAS JAK 2 JAK 3 KIT KRAS MAP 2 K 1 PTK 2 B PTPN 11 RB 1 RET ROR 2 SOS 1 SRC STK 11 TP 53 VH 1

Lung. Carta для обнаружения рака лёгких

Метаболизм в рецепторе эпидермального фактора роста при лёгочной аденокарциноме Легочная онкокарта для профилирования соматических мутаций (в комплект входит набор реагентов и on-line поддержка) Отдельно предлагается Панель EML 4 -ALK для идентификации транслокаций

Onco. Carta для обнаружения рака толстого кишечника Высокопроизводительный, экономически эффективный и простой метод для детекции клинически значимых мутационных «горячих точек» при раке толстого кишечника • Онко карта работает при минимальном количестве ДНК - всего 1 нанограмм • Одинаково хорошо работает как с ДНК из формалин-парафин фиксированных тканей, так и с ДНК, извлеченной из живых клеток • Возможность обнаружения аллелей с частотой 5% Быстрый, чувствительный, воспроизводимый и экономически эффективный метод для профилирования мутаций при раке толстого кишечника и обнаружения метастазов в лимфатических узлах. Fumagalli et al. , BMC Cancer 2010, 10: 101

Onco. Carta для обнаружения рака толстого кишечника • Анализирует 239 видов мутаций рака толстого кишечника и 39 мутаций при метастазах в лимфатических узлах в формалин-парафин фиксированных образцах (Онко. Карта версии 1) • Определяет мутации в 7 генах, таких как KRAS (протоонкоген), PIK 3 CA (Фосфоинозитид-3 -киназа), BRAF (протоонкоген), NRAS (нейробластома) и других, в том числе определяет по ABL 1 и МЕТ, которые ранее не обнаруживались при раке толстого кишечника

Onco. Carta для обнаружения рака толстого кишечника • 24 протокола были распределены по 6 мультиплексам • Высокая степень воспроизводимости – 100% идентичные результаты Быстрый, чувствительный, воспроизводимый и экономически эффективный метод для профилирования мутаций при раке толстого кишечника и обнаружения метастазов в лимфатических узлах. Fumagalli et al. , BMC Cancer 2010, 10: 101

Onco. Carta для обнаружения рака толстого кишечника • Платформа Sequenom® обеспечивает передовую технологию скрининга многих мутантных горячих точек в раковых образцах • Секвенирование по Сэнгеру стоит в 40 раз дороже и требует минимум в два раза больше ДНК для исследования. Более того, платформа Sequenom обладает несравнимо большей чувствительностью, чем секвенирование по Сэнгеру • Платформа Sequenom ® и панели Онко. Карта обеспечивают простой, воспроизводимый, чувствительный, экономически-выгодный метод для обнаружения горячих точек генома, в том числе и в деградированной ДНК, выделенной из архивных формалин-парафин фиксированных биоматериалов Быстрый, чувствительный, воспроизводимый и экономически эффективный метод для профилирования мутаций при раке толстого кишечника и обнаружения метастазов в лимфатических узлах. Fumagalli et al. , BMC Cancer 2010, 10: 101

Onco. Carta презентация • 1. Обзор Панели • 2. Состав набора и лабораторный анализ • 3. Программное обеспечение

Onco. Carta протокол i. PLEX Массспектрометр 60 мин Доавочный праймер 240 мин Щелочная фосфотаза 50 мин ПЦР для удобства может быть запущена на ночь, далее любой из этапов (отмывка щелочной фосфатазой, добавление праймера, анализ на масс-спектрометре) проводится в удобное для вас время ПЦР 150 мин ДНК ПЦР 5 мкл ЩФ 2 мкл Праймер 2 мкл Вода 16 мкл 25 мкл

Onco. Carta – комплексное решение Состав набора ПЦР and i. PLEX® Pro Реагенты (384 x 10) -набор реагентов с 10 Ген II Spectro. CHIPs® -Предварительно смешанные олигонуклеотиды -мультиплекс -24 ПЦР пробирки -24 пробирки с добавочными праймерами Софт для обработки данных анализа - Компакт-диск с дополнением к Typer 4. 0 - Руководство для пользователя

Что вам необходимо, чтобы запустить Onco. Carta? • требования по образцам ДНК - всего 20 нанограмм ДНК на каждую реакцию - получение - как из нативных образцов (ткани, телесные жидкости, клеточные линии), так и из фиксированных биоматериалов (заморозка, формалин-парафин)

Что вам необходимо, чтобы запустить Onco. Carta? • требования для создания протокола анализа секвенирования - Список интересующих исследователя областей ДНК (rs) rs 5665879 rs 12358 rs 256889 rs 45568 rs 6899574 rs 1998756 rs 25423 rs 458861

Что вам необходимо чтобы запустить Onco. Carta? • +/- 200 пар оснований из фланговых последовательностей исследуемой мутации – даже в виде простого буквенного текста! - Файл представляет собой текстовый файл с разделителями табуляции - Две колонки: SNP_ID и последовательность - Интересующее SNP демаркированы стандартной скобкой, например([A/G]; [A/-]; [A/G/T])

Набор инструментов создания протокола анализа • On-line поддержка My. Sequenom. com

Программное обеспечение для создания анализа • пользователи используют базы My. Sequenom. com в качестве исходных данных • программное обеспечение создает последовательности ПЦР праймеров и добавочных праймеров для всех анализов • взаимосочетаемость мультиплексов в одной лунке • позволяет добавлять или изменять существующие анализы (усиливать /ослаблять)

Onco. Carta презентация • 1. Обзор Панели • 2. Состав набора и лабораторный анализ • 3. Программное обеспечение. Отчет по онкомутациям.

Аналитический отчет – TYPER Analyzer Software

Аналитический отчет – TYPER Analyzer Software

Аналитический отчет – TYPER Analyzer Software

Анализ онкомутаций по протоколу Typer 4. 0 Analyzer

Отчет по онкомутациям • Позволяет вам самостоятельно устанавливать границы величины мутационного события

Благодарю за внимание! Ваши вопросы? ? ?