Номенкулатура мутаций Общие термины Мутация Любое изменение

Зарегистрируйтесь, чтобы просмотреть полный документ!

Номенкулатура мутаций

Общие термины Мутация Любое изменение (последовательноси ДНК) Изменение, вызывающее болезнь Полиморфизм Любое изменение (последовательноси ДНК) Изменение, не вызывающее болезнь Изменение с частотой встречаемости 1% и более в популяции Нейтральные термины: • вариант последовательности; • изменение; • аллель.

Условные обозначения Знак g. c. m. p. N -N *N N-M N+M * > _ Значение Геномная ДНК Кодирующая ДНК Митохондриальная ДНК Последовательность аминокислот в белке Нуклеотид в последовательности к. ДНК Нуклеотид, находящийся ближе к 5'-концу гена от инициирующего ATG-кодона ("перед" ATG-кодоном) Нуклеотид, находящийся ближе к 3'-концу гена от стоп-кодона ("после" стоп-кодона) Нуклеотид М в интроне "перед" позицией N Нуклеотид М в интроне "после" позициии N* Терминирующий кодон (стоп-кодон) Замена в последовательности ДНК или РНК, но не протеина Ряд нуклеотидов * Для интронов с нечетным количеством нуклеотидов центральный из них описывается через «+»

Условные обозначения-2 : Отделяет описание последовательности от описания самого варианта ; Разделяет различные варианты при перечислении [] Ограничивают описание варианта () «Знак неуверенности»

Структура гена http: //www. hgvs. org/mutnomen/Ref. Seq. jpg

Замены в последовательности ДНК и нумерация Локализация изменения По последовательности геномной ДНК* По последовательности кодирующей ДНК** 5’-фланкирующий регион g. 241 A>T - 5’-UTR g. 13793 T>G c. -5 T>G Кодирующий регион g. 59883 A>G c. 1445 A>G g. 13874 G>T c. 76+1 G>T g. 59871 A>C c. 1434 -2 A>C g. 108350 G>C c. *49 G>C Интрон 3' UTR и 3' – фланкирующий регион

Замены в к. ДНК и в акпоследовательности Изменение По последовательности кодирующей ДНК Повреждение промотера или изменение в инициирующем ATGкодоне e. g. c. 2 T>G Синонимичная замена c. 1311 T>C p. Ile 437= (p. I 437=) Миссенс-замена c. 1445 A>G p. Asp 482 Gly (p. D 482 G) Нонсенс-замена c. 1405 C>T p. Gln 469* (p. Q 469*, p. Gln 469 Ter) Замена стоп-кодона на смысловой кодон c. 3964 Т>C Замена двух (и более) нуклеотидов подряд [c. 1311 T>G; c. 1312 C>G] По последовательности аминокислот p. 0? p. *1322 Argext*17 p. *1322 Argext*? [p. Ile 437 Met; p. Leu 438 Val]

Делеции в последовательностях ДНК Малые делеции: g/c. <first deletion nucleotide №>_<last deletion nucleotide № >del(NNN) • g. 301 del (g. 301 del. A), g. 301_304 del (g. 301_304 del. AGTG); • c. 330 del (c. 330 del. G), c. 330_331 del (c. 330_331 del. GC); • c. 120_123+48 del; • c. 124 -12_129 del; • c. -11_-4 del; • c. *8_*21 del. ATGTTGTGCC -> ATGTTG_CC c. 7_8 del (c. 7_8 del. TG), а не c. 5_6 del. TG НО CAAgt. . . /. . ag. AAG -> CAgt. . . /. . ag. AAG c. 123 del (c. 123 del. A), а не c. 125 del. A

Делеции в последовательностях ДНК Протяженные делеции: • делеция экзонов 2 – 4 с неопределенными точками разрыва: с. 98 -? _389+? del • делеция всего гена: c. (? _-30)_(*220_? )del, где -30 – кэп-сайт, *220 – дополнительный поли. А-сайт • делеция экзонов 2 – 4 с определенными точками разрыва: g. 15101_18508 del (g. 15101_18508 del 3407) c. 98 -23_389 -143 del (c. 98 -23_398 -143 del 3407)

Дупликации ДНК Малые дупликации g/c. <first duplication nucleotide №>_<last duplication nucleotide №>dup(NNN) • g. 301 dup (g. 301 dup. A), g. 301_304 dup (g. 301_304 dup. AGTG); • c. 330 dup (c. 330 dup. G), c. 330_331 dup (c. 330_331 dup. GC); • c. 120_123+48 dup; • c. 124 -12_129 dup; ATGTTGTGCC -> ATGTTGTGTGCC c. 7_8 dup (c. 7_8 dup. TG), а не c. 5_6 dup. TG Протяженные дупликации • дупликация экзонов 2 – 4 с неопределенными точками разрыва: с. 98 -? _389+? [2] (с. 98 -? _389+? dup) • дупликация всего гена: c. (? _-30)_(*220_? )[2] или c. (? _-30)_(*220_? )dup, • дупликация экзонов 2 – 4 с определенными точками разрыва: g. 15101_18508 dup и c. 98 -23_389 -143 dup

Инверсии и инсерции ДНК Инверсии g/c. <first affected nucleotide №>_<last affected nucleotide №>inv(N 1 N 2 N 3/3) • g. 451_453 inv. ATC, c. 51_53 inv. ATC; • g. 451_512 inv 62, c. 51_112 inv 62 (кратко c. 51_112 inv) Инсерции У вставившегося нуклеотида нет своего номера в референсной последовательности! g/c. <previous nucleotide №>_<next nucleotide №>ins. NNN Вставки, повторяющие предыдущие нуклеотиды референсной последовательности, всегда описываются как дупликации, а не как инсерции • g. 451_452 ins. T, c. 51_52 ins. T; • g. 451_452 ins. GAGA, c. 51_52 ins. GAGA

Делеции без сдвига рамки считывания в аминокислотной последовательности (inframe deletions) • Одна аминокислота p. Arg 8 del (p. R 8 del) • Несколько аминокислот p. Arg 8_Trpdel (p. R 8_W 60 del) • Утрата Met 1: p. 0, но не p. Met 1_1321 Serdel p. Met 1? (p. M 1? ) p. Met 1_12 Ldel (p. M 1_12 Kdel) Образование стоп-кодона и преждевременное окончание трансляции описывается как замена, а не делеция С-конца белка.

Дупликации, инсерции, делеции с инсерцией в аминокислотной последовательности • Дупликации: p. Gly 4_Gln 6 dup (p. G 4_Q 6 dup) Все, что может быть описано как дупликация, описывается как дупликация • Инсерции: p. Lys 2_Met 3 ins. Gln. Ser. Lys (p. K 2_M 3 ins. QSK) или p. Trp 182_Gln 183 ins 17 • Делеции с инсерцией без сдвига рамки считывания: p. Cys 28_Lys 29 delins. Trp p. Cys 28 delins. Trp. Val • Сдвиг рамки считывания: p. Arg 97 Glyfs*26 (p. Arg 97 Glyfs. Ter 26, или p. Arg 97 fs)

Пролонгирование (extentions) Трансляция дополнительных аминокислот перед Met 1 или после стоп-кодона N-конец (образование нового инициирующего сайта в 5’-UTR): • p. Met 1 ext-5 • p. Met 1 Valext-12 С-конец (замена стоп-кодона): • p. *810 Glnext*17 • p. *327 Argext*?

Описание генотипа (несколько изменений у одного индивида) • На одной хромосоме: c. [76 A>C]; [87 del. G] • На разных хромосомах: c. [76 A>C; 83 G>C] • При неизвестном расположении: c. [76 A>C(; )83 G>C] • Изменеия в разных генах: DMD: c. [76 A>C]; GJB: c. [87 del. G]

Референсные последовательности и варианты • • Gen. Bank http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/genbank/ UCSC Genome Bioinformatics http: //genome-euro. ucsc. edu/ Ensembl http: //www. ensembl. org/index. html The Human Gene Mutation Database http: //www. hgmd. cf. ac. uk/ac/index. php MITOMAP A human mitochondrial genome database http: //www. mitomap. org/MITOMAP Human Genome Organisation http: //www. hugointernational. org/ db. SNP http: //www. hugo-international. org/ OMIM http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/omim

Шаблон Ген ABCB 11 (семейный внутрипеченочный холестаз 2 типа, MIM 605479). NM_003742: c. [1445 A>G]; [2104 C>T] p. [Asp 482 Gly]; [(Gln 702*)] Asp 482 Gly (CM 980247) Gln 702* (CM 097366)

Скачать презентацию Номенкулатура мутаций Общие термины Мутация Любое изменение

Номенкулатура мутаций.pptx

Количество слайдов: 17