Методы анализа генома прокариот Полиморфизм длины рестрикционных фрагментов

Методы анализа генома прокариот Полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (ПДРФ) Алгоритм ПЦР–ПДРФ анализа

ПЦР–ПДРФ-анализ используется для первичного сравнительного анализа геномов штаммов микроорганизмов для выявления мутаций, приводящих к развитию устойчивости к различным препаратам у многих видов микроорганизмов: • ванкомицину (van. C) у Enterococcus spp. , • изониазиду (kat. G) и стрептомицину (rrs) у M. tuberculosis, • фторхинолонам (gyr. A) у E. coli • бетта-лактамам (bla. TEM и bla. SHV) у E. coli, K. pneumoniae и других энтеробактерий

Одноцепочечный конформационный полиморфизм SSCP - Single-strand conformation polymorphism (M. Orita et al. , 1989) Сферы использования Видовое и субвидовое типирование патогенных микроорганизмов Выявление мутаций в различных генах замена оснований, малые инсерции и делеции, различные перестройки Алгоритм ПЦР–SSCP анализа

ДНК-маркеры на основе ПЦР с праймерами, имеющими множественную локализацию в геноме RAPD-маркеры - Randomly amplified polymorphic DNA использование одного короткого праймера с произвольной последовательностью AFLP - Amplified fragment length polymorphism праймеры с искусственно добавленными последовательностями (адаптерами) ISSR - Inter-simple-sequence-repeats праймеры, комплементарные к повторяющимся элементам генома, таким как микросателлиты IRAP - Inter-retransposon amplified polymorphism - транспозоны

RAPD – профиль бактериальных изолятов.