Конформационная подвижность белков гемоглобин
1. Связывание субстрата/лиганда: закрытие активного центра Гексокиназа: апоформа комплекс с субстратом
1. Связывание субстрата/лиганда: закрытие активного центра Фосфоглицераткиназа: апоформа комплекс с субстратом
1. Связывание субстрата/лиганда: экспозиция г/фобных участков Кальмодулин: апоформа комплекс с Ca 2+
1. Связывание субстрата/лиганда: аллостерическая регуляция Тромбин: активный фермент комплекс с ингибитором
1. Связывание субстрата/лиганда: аллостерическая регуляция ФФК: активная конформация неактивная конформация
2. Образование активной конформации трипсиноген трипсин
3. Передача сигнала (сенсорные белки/рецепторы) бактериородопсин
4. Макроскопическое движение (моторные белки) Миозин: до ухода ADP+Pi после ухода ADP+Pi (см. флэш-клипы)
4. Макроскопическое движение (моторные белки) Миозин: система усиления конф. изменений
4. Макроскопическое движение (моторные белки) АТР-синтаза
I тип: Аллостерические белки – конф. изменение невелико по амплитуде, но затрагивает всю глобулу Гликогенфосфорилаза: активная и неактивная конформация
II тип: Доменные белки – конф. изменение велико по амплитуде, каждый домен движется как жесткая единица вокруг шарниров SRC-Tyr-киназа: активная и неактивная конформация
Гибкий белок жесткий белок РСА
Открытые и закрытые конформации UDP-N-ацетилглюкозаминенолпирувилтрансфераза (Mur. A)
Подвижные элементы: петли Дигидрофолатредуктаза – петля отвечает за закрытие активного центра
Подвижные элементы: петли Орнитинтранскарбамилаза – петли отвечают за распознавание субстратов
Подвижные элементы: петли G-белки и др. переключатели – петли I и II отвечают за дискриминацию GDP и GTP
Подвижные элементы: петли мишень петля серпин Серпины – петля отвечает за узнавание мишени и перенос молекулы
Подвижные элементы: петли Серпины – петля отвечает за узнавание мишени и перенос молекулы
Характеристика конф. изменений: наложение 3 D структур Наложение по Са-атомам: видны различия полипептидных скелетов
Характеристика конф. изменений: наложение 3 D структур Наложение по Са-атомам: видны различия боковых групп и молекул воды
Характеристика конф. изменений: наложение 3 D структур Наложение по Са-атомам: видны различия боковых групп и молекул лигандов
Характеристика конф. изменений Колич. х-тика: параметры rmsd, ΔB, Δφ+Δψ
Практика: наложение 3 cln (кальмодулин) и 1 tcf (тропонин)
Практика: наложение 3 cln (кальмодулин) и 1 tcf (тропонин)
Практика: наложение 3 cln (кальмодулин) и 1 tcf (тропонин)
Д/з #7: выбрать 2 структуры одного белка (а) из разных организмов или (б) в разных комплексах. 1. Провести наложение по Са-атомам. Рассчитать rmsd. Сохранить проект в виде pdb-файла и сделать рисунок в Ras. Win. 2. Сохранить значения Δφ и Δψ (из карты Рамачандрана) в текстовом файле. Построить график зависимости Δφ+Δψ от номера остатка. (проследить за непрерывностью нумерации в pdb-файле)
Скачать презентацию Конформационная подвижность белков гемоглобин 1 Связывание субстрата лиганда
seminar 7.ppt