Кабінет Міністрів України НAЦІOНAЛЬНИЙ УНІBEPCИТEТ БІOPECУPCІВ І ПРИPOДOКOPИСТУВАННЯ УКРАЇНИ НAВЧAЛЬНИЙ-НAУКOВИЙ ІНCТИТУТ РОСЛИННИЦТВА, ЕКОЛОГІЇ І БІOТEХНOЛOГІЙ ФAКУЛЬTEТ БІOТEХНOЛOГІЇ « Розробка молекулярно-біологічних тестсистем для діагностики та ідентифікації вірусу тютюнової мозаїки Доповідач: Студент 4 курсу 1 групи Обідник Святослав Миколайович Керівник бакалаврської роботи: к. с. г. н. , доцент Антіпов І. О.
Актуальність роботи: Рис. 1 Будова вірусу тютюнової мозаїки Рис. 2 Електронне зображення частинок ВТМ
Мета З а в д а н н я розробка молекулярнобіологічних тест-систем для діагностики та ідентифікації ВТМ. Оптимізація умов проведення реакції ампліфікації; Проведення біоінформативного аналізу нуклеотидних послідовностей вірусних геномів.
Об’єкт Рослинний матеріал, інфікований вірусом тютюнової мозаїки (Tobacco masaic virus, TMV) Предмет Діагностика вірусу, молекулярно-біологічна характеристика ВТМ, біоінформативний аналіз та розробка дизайну праймерів.
Скринінг посівів соняшника на предмет наявності вірусних інфекцій Рослина соняшника, що не має ознак ураження вірусними інфекціями
Рослина соняшника з симптомами ураження вірусної інфекції (карликовість) Рослина соняшника з симптомами деформації листкової пластини
Системні некрози на листковій пластині рослин соняшнику Точковий некроз, крайове відмирання листкової пластинки
Рис. 9 - Локалізація місць гібридизації ВТМ праймерів на ДНК матриці
Висновки: 1. Проведено біоінформативний аналіз нуклеотидних послідовностей вірусних геномів створення дизайну праймерів, специфічних до нуклеотидних послідовностей вірусу тютюнової мозаїки. 2. Здійснено скринінг консервативних послідовностей генів, що кодують білок оболонки вірусу за допомогою генетичного банку даних (Gen. Bank). На підставі узагальнених даних щодо відомих нуклеотидних послідовностей, які в подальшому використали як матриці для олігонуклеотидних затравок у процесі синтезу вірусспецифічних фрагментів нуклеїнових кислот. Аналіз здійснювали за допомогою програмного забезпечення «Mult. Aline» (Multiple sequence alignment). 3. Синтезовані олігонуклеотидні праймери на основі аналізу консервативних послідовностей, які відповідали таким вимогам: GCсклад ˜ 40 -60%, відсутність неспецифічних вторинних структур (шпильок, димерів), близькі температури відпалу обох праймерів.
4. Оптимізовано умови проведення ПЛР для діагностики та ідентифікації вірусу тютюнової мозаїки при використанні власної розробленої молекулярно-генетичної тест-системи та встановлено оптимальні показники для проведення відповідних досліджень. Оптимальна концентрація іонів магнію у реакційній суміші для проведення полімеразної ланцюгової реакції для діагностики та ідентифікації ВТМ встановлена 1, 7 м. М, а оптимальна температура відпалу праймерів на ДНК матриці 60ºС і 62ºС 5. Розроблено діагностичну тест-систему на основі полімеразної ланцюгової реакції для виявлення вірусу тютюнової мозаїки. 6. Виявлено специфічні фрагменти вірусного генома, чим доведено працездатність новоствореної діагностичної тест-системи. Запропоновано використовувати метод ПЛР як високочутливий метод діагностики та ідентифікації ВТМ.
Дякую за увагу!
Скачать презентацию Кабінет Міністрів України НAЦІOНAЛЬНИЙ УНІBEPCИТEТ БІOPECУPCІВ І ПРИPOДOКOPИСТУВАННЯ
7_Obidnik_S.pptx