Genius obstinacy or Paranoid 你會錯看諾貝爾獎的論文嗎楊倍昌成功大學醫學院為生物暨免疫學研究所

Genius, obstinacy, or Paranoid 你會錯看諾貝爾獎的論文嗎？楊倍昌成功大學醫學院為生物暨免疫學研究所教授德國杜賓根大學自然科學博士醫學、科技與社會研究中心研究員臺灣科技與社會學會理事長看不見的具：像生物學家一樣思考； 2008, ISBN： 978 -986 -01 -5467 -2。科學之美：生物科學史閱讀手記； 2012, ISBN： 978 -957 -73 -2443 -6。資本主義與現代醫療； 2010, ISBN： 978 -957 -73 -2348 -4。大學轉骨方—在地觀察、行動與實踐； 2013, ISBN： 978 -986 -03 -6289 -3。 1

我之前的生物科學研究 Why T cells infiltrate in tumor stroma and accumulate here? NPC (CD 3 stain) H&E 2

• Chen SY, Lin JS, Lin HC, Shan YS, Cheng YJ, and Yang BC (2015) Dependence of fibroblast infiltration in tumor stroma on type IV collagen-initiated integrin signal through induction of platelet-derived growth factor. Biochim Biophy Acta-Mol Cell Res. 1853: 929 -939. (9次 rejection) • Chen SY, Lin JS, and Yang BC (2014) Modulation of tumor cell stiffness and migration by type IV collagen through direct activation of integrin signaling pathway. Arch Biochem Biophy. 555 -556: 1 -8. • Su CC, Lin HC, Lin YP, Shan YS, and Yang BC (2013) Expression of Th 17 -related genes in PHA/IL-2 -activated human T cells by Fas signaling via caspase-1 - and Stat 3 -dependent pathway. Cell Immunol. 281: 101– 110. • Lin HC, Lai PY, Lin YP, Su CC, Huang JY, and Yang BC (2012) Fas ligand enhances the malignant behavior of tumor cells through interaction with Met, hepatocyte growth factor receptor, in lipid rafts. J Biol Chem. 287: 20664– 20673. (11次 rejection) • Hwang JY, Cheng YJ, Lin YP, Lin HC, Su CC, Juliano R, and Yang BC (2010) Extracellular matrix of glioblastoma inhibits polarization and transmigration of T cells: a role of tenascin-C in immune suppression. J Immunol. 185: 14501459. . • Lin YP, Cheng YJ, Huang JY, Lin HC, and Yang BC (2010) Zap 70 controls the interaction of talin with integrin to regulate the chemotactic directionality of T cell migration. Mol Immunol. 47(11 -12): 2022 -9. • Lin YP, Su CC, Hwang JY, Lin HC, Cheng YJ, Liu MF, and Yang BC (2009) Aberrant integrin activation induces p 38 MAPK phosphorylation resulting in suppressed Fas-mediated apoptosis in T cells: implications for rheumatoid arthritis. Mol Immunol. 2009, 46(16): 3328 -35. • Cheng YJ, Lee CH, Lin YP, Hwang JY, Su CC, Chang WT, and Yang BC (2008) Caspase-3 enhances lung metastasis and cell migration in a protease-independent mechanism through ERK pathway. Int J Cancer 123: 1278 -1285. • Su CC, Lin YP, Cheng YJ, Huang JY, Chuang WJ, Shan YS, Yang BC (2007) Phosphatidylinositol 3 -kinase/akt activation by integrin-tumor matrix interaction suppresses fas-mediated apoptosis in T cells. J Immunol. 179: 45894597. 3

不畏退稿的著名論文，他們沒有買｢乖乖｣嗎？ The Creb cycle, 1937 • The paper was returned to me five days later accompanied by a letter of rejection written in the formal style of those days (Hans Krebs, 1981). Endosymbiotic theory , 1967 • The paper was rejected by about fifteen scientific journals, because it was flawed; also, it was too new and nobody could evaluate it (Lynn Margulis). The cell division cycle, 1974 • Hartewell et al. (1974) was rejected without review by Nature, leaving a bad taste that has lasted (John Pringle, 2013). Site-directed mutagenesis, 1987 • When Michael Smith submitted his first article on site-directed mutagenesis for publication in Cell, a leading academic journal, it was rejected; the editors said it was not of general interest (Michael Smith, 1993). 4

深度閱讀資料：三篇文章楊倍昌：科學之美---生物科學史閱讀手記； 2012, ISBN： 978 -957 -73 -2443 -6。 • 生物科學史的閱讀印象 • 病原的推論邏輯：科霍氏法則是不是實驗科學的終極證明？楊倍昌 (2016) 知識辯證的微觀動態：當代生物科學期刊如何接受一篇論文？《科技、醫療與社會》，第 22期： 109 -158頁。 5

幽門桿菌的傳奇故事 2005諾貝爾生理與醫學獎 6

胃潰瘍到底出了甚麼事了？ • 許博翔、洪貴香、吳惠雯、吳俊忠： 2005年諾貝爾生理醫學獎--揪出幽門桿菌的啟示。科學發展月刊，403 期，頁40 -47。 • 楊倍昌：生物科學史的閱讀印象。In: 科學之美：生物科學史閱讀手記； 2012, ISBN： 978 -957 -73 -2443 -6。 • Kidd M, Modlin IM. 1998. A century of Helicobacter pylori: paradigms lost-paradigms regained. Digestion 59(1): 1 -15. • Marshall Barry J. 2002. Helicobacter pioneers: firsthand accounts from the scientists who discovered Helicobacters, 1892– 1982. Oxford: Blackwell. 7

130年的思索年 1875 1881 1888 1889 1893 1896 1908 1916 1917 1921 1924 1925 1930 1938 1940 1954 1975 1983 人 G. Bottcher/ M. Letulle C. Klebs M. Letulle W. Jaworski G. Bizzozero H. Salomon W. Krienitz F. B. Turck E. C. Rosenow L. R. Dragstedt J. S. Edkins J. M. Luck B. Hoffman B. Berg J. L. Doenges F. D. Gorham A. S. Freedberg/ L. Barron 事件 E. D. Palmer 以 1, 180例胃切片檢體以蘇木精與伊紅的染色報告 (Hematoxylin and Eosin stain)，無螺旋菌體潰瘍與發炎細胞浸潤–分離出綠膿桿菌 (Pseudomonas aeruginosa) 發現胃炎病人體內有螺旋菌體 [Campylobacter (Helicobacter) pylori] 分離並培養螺旋菌體 (H. pylori) H. W. Steer J. R. Warren B. Marshall/ 1985– 1987 A. Morris 1989 C. S. Goodwin 細菌在胃潰瘍組織邊緣細菌菌落與腺體間發炎細胞的浸潤金黃色葡萄球菌 (Staphylococcus aureus) 誘發天竺鼠急性胃潰瘍胃沖出液中有弧菌 (Vibrio rugula) 狗的胃黏膜上有螺旋菌體 (spirochetes) 胃黏膜上的螺旋菌體可傳染小鼠胃癌患者的胃液中有螺旋菌體以桿菌Bacillus (Escherichea) coli 誘發狗胃潰瘍描述金黃色葡萄球菌引發胃潰瘍胃潰瘍實驗動物中發現細菌，認定兩者無相關性犬貓螺旋桿菌試驗 [S. regaudi (H. felis)] 胃黏膜上有尿素酵素描述細菌B. Hoffmani可能是引發潰瘍的病原部份胃迷走神經切斷術可減少潰瘍的再發率螺旋菌體在人及獼猴引發發炎潰瘍提議胃內的好酸細菌是引起潰瘍的病原檢定螺旋菌體在人體內，認定無病原性依科霍氏法則驗證病原性：吞下H. pylori引發疾病命名幽門桿菌Helicobacter pylori 8

歷史上最可憐的代罪羔羊：大會榮譽祕書Terry D. Bolin教授 1983年二月，華倫和我寫了一篇摘要，投稿到將在Perth舉行的澳洲腸胃科學會年會去發表。我們相信這篇摘要一定會被接受。而且，會議的地點是在地的，我們去參加會議報告結果的花費很少。可惜的是，我們的摘要竟然未被接受，而收到一封大會榮譽祕書所具名的拒絕信說：「在 67篇投稿摘要中，我們只能接受 56篇。」也就是說，我們的研究成果是掉在尾巴的10%中！ Barry J. Marshall, 2002. 9

偶然的幸運我(華倫)常被問的問題是：「如果細菌真的在那裡，為什麼沒有人報導過？」。這個問題很難回答，我自己也不曉得為什麼我以前沒看見它們。當然，後來我們逐漸發現的確有些報導細菌的舊報告，甚至可回溯到一百年前。在胃是無菌的信仰之下，許多之前的報導不是被認為錯誤，就是認為它不重要。我拿著原始的電子顯微鏡照片到電子顯微鏡室去，找尋是否有合適的胃黏膜的檢體。技術師不以為然，但是當我們在看照片的時候，他的助手剛好路過。他看了一眼說：「它看起來像是Papadimitriou教授幾年前發現的細菌。」他沒停下來，繼續走掉了，但是他真的說得對。 Warren JR, 2002. 10

Marshall 的惡夢我們需要取得兩項證據。第一，要在動物身上引起感染 (也就是說，需要建立細菌感染造成胃炎及消化性潰瘍的實驗來符合科霍氏法則的推論)。第二，我們必須證明消除病患的細菌後便可讓胃炎及消化性潰瘍痊癒。很明顯的，當時我們得不到客觀的聽眾。所有我們所宣稱的事與主流典範衝突。當時腸胃學吸引大量資金投注在已廣泛使用的H 2受體抑制劑的研究上，而它(細菌病原論)打擊了這個基礎。而對我更不利的是，我已經 31歲了，還住在邊陲而隔絕的城市，甚至在家鄉裡也沒有正式的大學職缺。 …我對於能否找到合適的稿件審查者越來越感到沮喪。我的作期約只剩下六個月，而我不知道能否適時得到經費來進行預計在 1985年動手的雙盲實驗。更糟的是，動物實驗的進展已經變成了夢靨。 Barry J. Marshall, 2002. 11

光用這樣的眼光，你我還能做甚麼？ 12

如果先知注定不被了解，這個人絕對是境遇最慘的醫學先知 Ignac Semmelweis a native of Hungary 產褥熱病因的發現者 puerperal fever; childbed fever 13

悲劇發生在知識殿堂：維也納大學 14

In 1844, Semmelweis was appointed assistant lecturer in the First Obstetric Division of the Vienna Lying-In Hospital, the division in which medical students received their training. He was appalled by the division's high mortality rate from puerperal fever — 16% of all women giving birth in the years 1841– 1843. In contrast, in the Second Division, where midwives or midwifery students did the deliveries, the mortality rate from the fever was much lower, at about 2%. Semmelweis also noted that puerperal sepsis was rare in women who gave birth before arriving at the hospital http: //general-anaesthesia. com/images/ignaz-semmelweis. html Sinclair WJ. Semmelweis: his life and his doctrine. Manchester: Manchester University Press, 1909. 15

Semmelweis自己的研究證據在 1847年最後七個月，第一病院的3322個新生兒中 167 死亡( 死亡率： 5. 02 percent)，第二病院的3139個新生兒中 90 死亡 (死亡率： 2. 8 percent)。1848年開始執行含氯石灰水洗手的措施之後，第一病院的3496個新生兒中 147 死亡(死亡率： 4. 2 percent)，第二病院的3089個新生兒中 100 死亡(死亡率： 3. 2 percent)。 Ignaz P. Semmelweis, 1850, Vortrag über die genesis des Puerperalfiebers. Protokoll der allemeinen Versammlung der k. k. Gesellschaft der Ärzte zu Wien, vom 15 May 1850. In: Milestones in Microbiology 1546 -1940, Translated and edited by Thomas D. Brock, 1999, ASM Press, Washington. 16

It is always hard for anyone to admit they are wrong. "Okay, so I was wrong about the Cubs winning the pennant. " Not so hard to admit. But if the item is central to your profession, and admitting it not only questions your judgment but implicates you, although at the time unknowingly, in the many deaths your error has caused, that is a little harder to swallow. Obviously, many would, and did, deny the error rather than face the upset. The Doctors' Plague by Sherwin B. Nuland Semmelweis wrote a series of “open letters” to his former professors, accusing them — rightly, as it turned out — of being “medical Neros” and “murderers”. ( 錯誤的策略) 17

Semmelweis只是個特例嗎？相同的歷史故事，還會一再搬演 18

In 1866 Joseph Lister (1827 -1912) suggested antiseptic surgery. His rational was: • • Putrefaction is caused by microbes (巴斯德的意見) Wound sepsis is a form of putrefaction (李斯特的猜想) • Wound sepsis is caused by microbes (只是建議，而無方法證明) 19

截肢手術的傷亡率: 在英國超過 300 床的大醫院死亡率會超過 41%. 開業醫小診所死亡率約 11%. 巴黎: 死亡率約 60%. 蘇黎世: 死亡率約 46%. 格拉斯柯: 死亡率約 34%. 柏林及其他城市: 死亡率約 34%. 美國麻省: 死亡率約 26%. 美國賓州: 死亡率約 24%. Note by Sir James Simpson: Hospitalism 1867 蛇杖的傳人 p: 439(? ) 20

信不信由你的年代 • In the previous year Lister had heard that 'carbolic acid' was being used to treat sewage in Carlise, and that fields treated with the affluent were freed of a parasite causing disease in cattle. • 在截肢手術病人死亡率的證據上，運用李斯特的消毒法之前， 1864 -1866年Glasgow療養院病人的死亡率是 46%，之後 1867 -1869年則降低為 15%。 Henry Lamond, 1870 "Letter to the Editor: Professor Lister and the Glasgow Infirmary, " Lancet 1: 175. On the effects of the antiseptic system of treatment upon the salubrity of a surgical hospital, Lancet 1 (1870): 4 -6; 1: 40 -42. 21

www. biblehelp. org/ misunder. htm • Joseph Lister was ridiculed, criticized, and harassed. The medical community didn’t like having its status quo questioned. The nurses regarded Lister’s procedures as eccentric, and they resented the extra work his obsessions with cleanliness were causing. The doctors were angered at the implication they were responsible for some of the deaths. • Lister 高估了空氣中的雜物，其實病原菌來自於手術器械, 醫師的手…. . 22

誰是先知? • Samuel Gross 1805 -1884; The Gross Clinic American surgeon, teacher of medicine, and author of an influential textbook on surgery and a widely read treatise on pathological anatomy (He still did the job in traditional way). • 李斯特在 King college 上課的學生減少到只有10 -20 人 23

為什麼只有軟弱的說服力? 24

如果只是廉價的同情，你跟廣告賣藥的人有甚麼不同？ http: //www. youtube. com/watch? v=H 3 UZd. Bg. VDPA • 「哪無離厝千里，眛了解什麼叫做『回家真好！』。未經過大風大浪，不知道什麼叫做人生浮沉。啊哪這款ㄟ滋味，討海人早得已經習慣如常。不過，船哪駛出港，就不要回頭看。氣力準備好，認真拚生活。講到氣力，我們都依靠…」 25

理解科學的進展需要有知識結構，而不是廉價的同情 26

哲學的知識結構證據史觀 (Evidence-based historiography) 延續十七世紀，培根及笛卡爾的科學傳統 • Ludwig Wittgenstein，1889 -1951 維也納學派 (Vienna Circle)：邏輯實證論 (positive) 一拒絕形而上學，認為經驗是知識唯一可靠來源。二只有通過運用邏輯分析的方法，才可最終解決傳統哲學問題。 • 卡爾波普：否證論 (Falsification; negative) 一科學理論的表達一般為全稱判斷，而經驗的對象是個別的。所以，經驗如果用來證實理論，那麼它將是無法窮盡一般的理論的。二如果堅持實證主義，那麼一旦出現與理論相悖的經驗，人們便會做出特殊的設定或限制以使得理論能滿足經驗。但實際上這樣的設定往往是極不科學的。 Karl Popper, 1902 -1994) 27

社會學(or STS)的知識結構社會史觀 (Social historiography) • 弗來克：思維集體(Denkkollectiv)/思維式樣 (Denkstil) 正確的科學與錯誤的科學發展的方式相同 • 孔恩：典範 (Paradigm) 一九六二年，《科學革命的結構》，以結構史觀批評主流的線性發展方式。 Ludwik Fleck, 1896 -1961 Thomas Kuhn, 1922 -1996 28

生物學的知識經驗 29

Robert Koch, 1843 -1910, Germany Dr. marshell 的難關：科霍氏法則 Innocent or Murder? Who is to be blamed? Not decided. Until… Koch’s postulates: 1. Suspected pathogen must be present 2. Pathogen must be isolated and grown in pure culture 3. Cultured pathogen must cause the disease 4. Same pathogen must be re-isolated from the subject 楊倍昌 (2012) 病原的推論邏輯：科霍法則是不是實驗科學的終極證明？In: 科學之美：生物科學史閱讀手記，頁93 -130，巨流圖書出版。 30

簡易邏輯的說服力(參考用) 質與量的替換句 1. 凡 A 則有B (必要條件) 凡 A 則沒有B[則有(非B)] 2. 凡非A 則無B (充分條件) 凡非A 則有B 有一些A會有B (不完全必要條件) 有一些非A無B 4. (不完全充分條件) = 有一些 A沒有B = 有一些非A 會有B 3. 直述句型病原菌存在於病患罹病部位，而健康個體則無充分條件病原菌接種至健康者，會產生相同的病必要條件有洗手則少產褥熱有一些 A，會沒有B 不完全必要條件無洗手則多產褥熱有一些非A，會有B 不完全充分條件 31

邏輯項目﹨歷史文章立場 1. 時間 2. 空間 3. 可見物(細菌) 驗證操作 4. 典範(病原論) 5. 技術經驗 6. 對照組 7. 充分條件說服力 8. 必要條件 9. 不完全充分或必要條件洗手理論 ++ ++ + 手術消毒 ++ +? ++ + + 柯霍 1876 柯霍 1884 + ++ ++ + + 楊倍昌 (2012) 病原的推論邏輯：科霍法則是不是實驗科學的終極證明？In: 科學之美：生物科學史閱讀手記，頁93 -130，巨流圖書出版。 32

Robert Koch 1905諾貝爾生理與醫學獎 • for his investigations and discoveries in relation to tuberculosis • 6 bacterial pathogens in wound infection in 1878. • By making photomicrobiographs, I can reveal the bacteria true to nature and free of subjective misinterpretation. 33

你真的認為科學文章被退稿是運氣太差？是科學學閥的程度太差？ 34

光是分析歷史是不夠的，當代生物學家會如何思考呢？ 35

以生物學為師 (空間結構為分類) 經常迷路的幾個原因：一、遺忘了空間地圖 (記憶錯誤) 二、地標失認 (感官的敏銳度變差) 三、失去方向感 (判斷能力不正常) 地標失認症：右側舌狀腦迴以自我為中心的失定向：右側後頂葉皮質順向性失定向：右側海馬旁迴頭向失定向：後壓部皮質 Geoffrey K. Aguirre, Mark D'Esposito, 1999, Topographical disorientation: a synthesis and taxonomy. Brain 122: 1613 - 1628 36

當讀者與作者相失路！科學作者所繪製的科學地圖 (以實驗證據為基礎而產生的結論)，讓讀者看不懂而迷失了(rejection)。 37

辯駁信 (rebuttal letter) 在本研究中的定義是通訊作者所撰寫的信件，以回應期刊之審查意見。本文分析的期刊包括 Am J Hum Genet、Brain Struct Funct 、Brain Behav Immun、J Cell Biochem、Tissue Eng、PLo. S ONE、J Bacteriol、Cell Death & Differ、J Immunol、J Biol Chem 等。所引用的文句只限於通訊作者之授權範圍。總共: 223則審查提問 225則作者回復 38

辯駁信中Reviewers的典型問句 • Just as Jurkats are no real T cells, glioma cell lines are no real tumors either and the mixture obtained by the described lysis and washing procedure is no actual tumor extracellular matrix. • This reviewer will accept the effects of the cell matrix upon Jurkat, but there are no tumor cell alone controls (Hep. G 2, U 118 or MCF-7) for their contribution of these proteins. • The increase in ubiquitination is not very clear and not very convincing. In particular since not equal amounts of p 65 are precipitated. • It remains unclear if these NF-k. B containing ALIS are specific for tumor associated macrophages and how a nuclear transcription factor gains access to these structures. • The authors are trying to make global conclusions with only 1 cell line. So having a few cell lines to confirm this conclusion is necessary. 39

可以用這養的分析結構嗎？ 3. 認知地圖 (觀念)。 1. 數據評價 (感官上真實、有效)。 2. 邏輯判斷。迷路的原因：一、遺忘了空間地圖(記憶錯誤) 二、地標失認(感官的敏銳度變差) 三、失去方向感(判斷能力不正常) 40

認知地圖地標 (感官上真實、有效) 1. 作者提供的結論。所用的材料及技術的 1. 2. 各別結論(過程可信度。方向感 (邏輯上的檢驗) 1. 由片段原始資料或是結果所組合而得到的小地圖)所組成 2. 所呈現的原始資料要的故事(全面地明顯確有其事，忠實 2. 關鍵實驗的順序。圖) 的必然性。的呈現事實。 3. 合於典範學派內的解 3. 產生新的觀念 3. 透過直接比較(數量或各別結論是合理的。釋。與新的行動 (延圖片) 或是間接比較 ( 4. 解釋的方式可以理解，伸至未知地圖)。統計法則)，觀測目標而且前後一致，不矛之間，具有明顯差異。盾。 41

維度審查意見中，典型的問句* 分析的內容認知地圖 (觀念的結構) It is not clear to this reviewer how increased Iba-1 expression may convert some Iba-1 negative cells into Iba-1 positive cells, what is the evidence and mechanism. A 1. 研究的整體結論。 A 2. 產生新的觀念與新的研究方案 (延伸 Unfortunately the crystal structure provides little novel insight compared to the recent 2. 0 A structure of the same protein (PDB code 4 I 7 H). 至未知地圖)。地標 (感官上真實、有效) Just as Jurkats are no real T cells, glioma cell lines are no real tumors either- and the mixture obtained by the described lysis and washing procedure is no actual tumor ECM. This reviewer will accept the effects of the cell matrix upon Jurkat, but there are no tumor cell alone controls (Hep. G 2, U 118 or MCF-7) for their contribution of these proteins. B 1. 材料及技術的可信度。 B 2. 適當的控制組；合宜的實驗設計。 B 3. 原始資料要明確，忠實的呈現事實。 particular since not equal amounts of p 65 are precipitated. B 4. 透過直接比較 (數量或圖片) 或是間 It remains unclear if these NF-k. B containing ALIS are specific for tumor 接比較 (統計法則)，觀測目標之間， associated macrophages and how a nuclear transcription factor gains access to these structures. 具有明顯差異。 B 5. 論斷所需的實驗資料之有無。 The increase in ubiquitinilation is not very clear and not very convincing. In The authors are trying to make global conclusions with only 1 cell line. So having a few cell lines to confirm this conclusion is necessary. 方向感 (邏輯上的檢驗) If I view the correct figure, I see 40% of them are considered ameoba-like. 40% seems more than a few? This sentence should be rewritten. C 1. 原始資料或是結果所組合而成的各別結論是合理的 (判讀錯誤)。 C 2. 合於典範學派內的解釋 (與已知文獻 report (JBC 283: 23610). Is there a similar binding site in hly. U promoter? What 比較)。 is the relationship between Smc. R binding site and -35/-10 of hly. U promoter? C 3. expression can promote wound healing, but in Figure 2 G, Fas over expression 解釋的方式清晰，前後一致，不矛盾。 A consensus sequence for Smc. R binding has been described in a previous Data shown in Figure 2 F and 2 G are inconsistent, in Figure 2 F, Fas over didn't have similar effect on cell migration distance. 42

層面分析的內容以文本為依據所計算的提問次數# 整體概念架構： A 1. 研究的整體結論。 A 2. 產生新的觀念與新的研究方案 (延伸至未知地圖)。 17 13 數據評價 (經驗上真實、有效)： B 1. 材料及技術的可信度。 B 2. 適當的控制組；合宜的實驗設計。 B 3. 原始資料要明確，忠實的呈現事實。 B 4. 透過直接比較或是間接比較，觀測目標之間，具有明顯差異。 155 46 21 17 B 5. 論斷所需的實驗資料之有無。邏輯判斷： C 1. 原始資料或是結果所組合而成的各別結論是合理的。 44 38 C 2. 合於典範學派內的解釋 (與已知文獻比較)。 C 3. 解釋的方式清晰，前後一致，不矛盾。其它 (D. 無法歸類) 16 5 13 4 27 17 43

• 以辯駁信為檢驗文本，的提問頻率總平均 – 數據評價問題是 69. 5%， – 邏輯檢驗的問題17% – 認知地圖的問題7. 6% – 無法歸類的議題只占 5. 88%。 44

223則問題中，總計有28則的屬性註釋不同(12. 5%)。 1. 缺乏實際資料作為比對而有差異你沒有足夠的資訊來判讀原始資料。沒有讀原來的paper(當初投稿時的初稿)，所以不了解問題的性格。 2. 缺乏相關的背景知識而有差異因為第三者(指訪談者)不了解Smc. R 和hly. U的關係，所以看不出這題目中有C 2的性格。 3. 不了解學門領域重視的目標而有差異每一個field其實不同，投稿到後來覺得各別雜誌有各自的偏好。注重的重點並不同，所以reviewer希望看到的回答也不同……甚至回答的強度也不同。 4. 不了解學門領域的行話(Jargon)而有差異我很容易就了解問題所在。Reviewer的語意是B 2，但是他沒有解釋所引用的文獻，所以第三者在判斷問題的性格時會誤解。……領域語言陳述上的”單向性”？用語狹隘，有點類似”行話”。 45

楊倍昌 (2016) 知識辯證的微觀動態：當代生物科學期刊如何接受一篇論文。《科技、醫療與社會》，第 22期： 109 -158頁。分析的人： • 十二篇生醫實驗科學文章之通訊作者7位(性別：男性： 5 人；女性： 2人；平均獨立研究年資： 12年)。 • 訪談： 19位研究員(男性： 12 人；女性： 7人；平均獨立研究年資： 19. 2年)。 46

問卷一分析的內容@ 問題的頻率* 難易度 C 3. 解釋的方式清晰，前後一致，不矛盾。其它 (D. 無法歸類) 總分層面認知地圖 (觀念的結構)： A 1. 研究的整體結論。產生新的觀念與新的研究方案 (延伸至未知地 A 2. 圖)。數據評價 (感官上真實、有效)： B 1. B 2. B 3. 材料及技術的可信度。適當的控制組；合宜的實驗設計。原始資料要明確，忠實的呈現事實。透過直接比較 (數量或圖片) 或是間接比較 (統計法則)，觀測目標之間，具有明顯差異。 B 5. 論斷所需的實驗資料之有無。 B 4. 邏輯判斷：原始資料或是結果所組合而成的各別結論是合理的 (判讀錯誤)。合於典範學派內的解釋 (與已知文獻比 C 2. 較)。 C 1. 問題的頻率以 0 -3分評量，0：無或極少； 1：偶爾； 2：經常； 3：八成以上。問題的難易度以 1 -4分評量，1：簡單； 2：合理範圍； 3：有點挑剔； 4：苛刻。 47

分析的基礎： • 一般性的經驗陳述 • 模式的描述，以 7位通訊作者在投稿過程之通訊辯駁信 (rebuttal letter) 中，科學家自己認定的問題屬性和其回應問題的語句為根據。 • 科學相關證據的判讀，以十二篇的定稿為依據。 48

提問 49

• 一般印象予以辯駁信的統計資料中，皆已以「材料及技術可信度」以及「實驗資料不夠」是發生率最高的兩則提問子項。 • 在C 2「合於既有典範的解釋」這則子項上，一般印象調查的權重偏高，達 1. 84，比B 2「適當的控制組；合宜的實驗設計」的1. 32高出許多。但是在以文本為基礎的統計中，C 2只有16則，B 2則略高為 21則。原因？ 50

• 一般性的印象調查中，生物學家對於提問難度的權重總平均值為 2. 18，代表他們認為多數提問是在合理範圍。 • 其中，A 1「研究的整體結論」、A 2「產生新的觀念與新的研究方案」、B 1「材料及技術的可信度」、B 5 「實驗證據不足」，這四則提問最難回答。它們的平均難度權重分別是： 2. 5、2. 57、2. 55、2. 44。 51

回應 52

在回應質疑的策略中，最常出現的四種依序是： 1. 交代推論所需的實驗新證據， 2. 加強說明， 3. 引用文獻，提供典範內的解釋， 4. 提供清楚，明顯的資料(實驗重作)。 53

可能Rejection的三個經驗性層次 1. 不相信他人所用的材料, 方法以及執行技術。 2. 不認同他人對於原始資料的判讀. 照片品質太差, 數質差異不明顯, 判讀錯誤。 3. 認為推論方式不合理, 這部分是邏輯層次上的不認同。除了邏輯誤謬之外, 落在典範之外的解釋也可能被捨棄 (Rejected by accepted theory)。 54

合格的生物實驗科學家應有三項本事： 1. 靈巧、可信的實驗技能及觀察力。它是創生知識的基礎，眼高手低的人，不適合待在這一行。 2. 要有簡潔、清晰且符合邏輯的說理能力。想依賴跳躍式思考，一定行不通。 3. 要熟悉學門中的典範知識 (至少是暫時被認可的知識)。突如其來的隨便創意，會很辛苦。 55

生物學家是：大自然的說書人。以感官所認知的生命現象為基礎的說書人。不是靠買明牌、中大樂透而過活的人。 56

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Alternative in philosophical rhetoric：「認知價值」 • 研究的整體結論 A 1 整全性 (integrity) 產生新的觀念與新的研究方案 A 2 新奇 (novelty) 材料及技術的可信度 B 1 可靠（信）性(reliability) • 適當的控制組；合宜的實驗設計 B 2 （實驗）可實現性(realizability) 原始資料要明確，忠實的呈現事實 B 3 資料準確性 (accuracy of data) • 透過直接比較或是間接比較，觀測目標之間，具有明顯差異 B 4 清晰性(clarity) • 論斷所需的實驗資料之有無 B 5 證據（相關）性(relevance of evidence) 原始資料、結果所組合而成的各別結論是合理的 C 1 合理性 (plausibility) • 合於典範學派內的解釋 C 2 外在一致性（保守性）(external consistency) 前後一致，不矛盾 C 3 內在一致性(internal consistency)和「解釋力(explanatory power) 58

認知地圖 (觀念的結構) A 1. 研究的整體結論。看不出結論中認為X基因的表現與細胞的Y功能有關的理由。什麼證據？機轉是什麼？ A 2. 產生新的觀念與新的研究方案 (延伸至未知地圖)。不幸的是，跟之前已知的證據相比，本論文所提議的新機制，無法提供新的見解。 59

數據評價 (感官上真實、有效) B 1. 材料及技術的可信度。橘子不能代表蘋果，本研究中所使用的X細胞有變異，與自然界中的對照細胞不同。儀器測量值也偏離了一般經驗可信的範圍。 B 2. 適當的控制組；合宜的實驗設計。實驗設計不完整。本實驗缺乏A來對照Z功能的影響程度，因此不知道觀察值是否有意義。M的測量方法無法區分X與Y現象的差異。 B 3. 原始資料要明確，忠實的呈現事實。結果G的計算方式不對，數據不符事實。各組實驗之間的基礎起點不一致，無法確認實際的改變值。 B 4. 透過直接比較 (數量或圖片) 或是間接比較 (統計法則)，觀測目標之間，具有明顯差異。選用的圖片無法判斷真假，結果X中，Y的變異量並不明顯，沒說服力。A反應需要用合適的統計法定量，才能讓人確認結論。 B 5. 論斷所需的實驗資料之有無。已知在N 條件下，C受到B的影響（引用已有的文獻）。但是，在本實驗的M 條件下， A並未改變B，卻可以產生C功能。請提出新證據來說明ABC之間的關係。 60

邏輯判斷 C 1. 原始資料或是結果所組合而成的各別結論是合理的 (判讀錯誤)。對數據的解讀與作者不同。作者報告有40% 是A細胞。40% 不能說是少數，本句子的結論應該重寫。T組織比較乾，含水量卻比較多，是不合理的現象。 C 2. 合於典範學派內的解釋 (與已知文獻比較)。 A可以辨識的基因序列K（引用已有的文獻）。在 X基因-35/-10位點的啟動子上有類似K的序列。A應該可以調控 X基因。 C 3. 解釋的方式清晰，前後一致，不矛盾。結果圖 1 和圖 2的數據不一致。圖 1中，A蛋白表達多時會促進傷口愈合，但是在圖 2中，作者卻認為A的表達量與傷口愈合卻無關。 61

Genius obstinacy or Paranoid 你會錯看諾貝爾獎的論文嗎 楊倍昌 成功大學 醫學院為生物暨免疫學研究所

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