Филогенетический анализ
Форматы файлов, используемых в биоинформатике FASTA >roa 1_drome Rea guano receptor type III >> 0. 1 MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDV VVMKDPRTKRSRGFGFITYSHSSMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATV KKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHFGNIVDNIVIDKETGKKRGFAFVEFDDYDPVDKVVLQ KQHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGN WNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNF GGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNY GNNQGFNNGGNNRRY >roa 2_drome Rea guano ligand MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDV VVMKDPTSTSTSTSTMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVK KLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHLLLLLLLDLLLLDLLLFVEFDDYDPVDKVVLQK QHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNW NNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFG GGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYG NNQGFNNGGNNRRY
Шаги реконструирования филогенетического древа 1. Выбор последовательностей и поиск гомологов 2. MSA 3. Матрица белков 4. Филогенетическое дерево
Рутинная процедура, или как строят деревья? Составление выборки последовательностей Множественное выравнивание Построение дерева фрагмент записи в виде скобочной формулы: (((((con 101: 38. 51018, (f 53969: 28. 26973, ((f 67220: 8. 39851, max 4: 27. 50591): 4. 92893, con 92: 30. 19677): 13. 62315): 9. 53075): 25. 83145, Визуализация и редактура дерева
http: //phylogeny. lirmm. fr/phylo_cgi/index. cgi
Если используете – обязательно цитируете авторов!!!
Возможности
Step 1
Step 2
Step 2 cont…
Step 3
((((((n 1 GYC_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE_TRAMETES_VERSICOLOR: 0. 0020898673, gi_636603205_ref_XP_008032737. 1_laccase_I_Trametes_versicolor_FP: 0. 0087826181) 0. 9940000000: 0. 0941885052, (Lac. D_Trametes_hirsuta: 0. 2603273901, Lac. E_Trametes_hirsuta: 0. 0905592538)0. 530000: 0. 0540510810) 0. 9560000000: 0. 0708215604, ((n 1 KYA_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE_TRAMETES_VERSICOLOR: 0. 0000003744, gi_636602959_ref_XP_008032614. 1_laccase_B_precursor_Trametes_ver: 0. 0026452468) 0. 9960000000: 0. 0790223541, Lac. A_Trametes_hirsuta: 0. 0802401443) 0. 9820000000: 0. 0796920784)0. 990000: 0. 1197269329, (gi_636609663_ref_XP_008035966. 1_laccase_Trametes_versicolor_FP-1: 0. 1490085788, (Lac. B_Trametes_hirsuta: 0. 1185559495, gi_636609661_ref_XP_008035965. 1_laccase-4_Trametes_versicolor_FP: 0. 2034952743) 0. 4080000000: 0. 0315432676)0. 9750000000: 0. 1007412245)1. 00000: 0. 2966572602, Lac. C_Trametes_hirsuta: 0. 1659112860)0. 9280000000: 0. 0570101589, gi_636614197_ref_XP_008038233. 1_Tv. Lac 6_Trametes_versicolor_FP-10: 0. 1298520185, gi_636614307_ref_XP_008038288. 1_Tv. Lac 7_Trametes_versicolor_FP-10: 0. 0829241807);
Скобочная формула (Newick format) 5. 2 5. 5 7. 7 3. 2 6. 3 6. 1 C E 8. 0 A D (((C, D), E)), (A, B)); только топология (((C: 3. 2, D: 8. 0): 5. 5, E: 7. 7): 5. 2, (A: 6. 1, B: 6. 3): 7. 5); длины ветвей B
Задание на дом Построить филогенетическое дерево (использовать последовательности, которые использовали прошлый раз) - неукоренное - Укоренное (добавить аут-последовательность) Сравните деревья, полученные с использованием двух программ Описать полученные результаты (какие клады у вас получились)
Скачать презентацию Филогенетический анализ Форматы файлов используемых в биоинформатике
Практика_2_БИ_М_2015.ppt