Численность бактерий в почвах, загрязненных свинцом, по результатам цифровой микроскопии с применением программы обработки изображений Image. J Уразгалиева И. А. Казанский (Приволжский) Федеральный Университет Было опробовано несколько способов счета микроорганизмов с помощью программы Image. J, среди которых наиболее удобными являются следующие: Способ № 1. В меню Image верхней панели программы, выбрав пункт Color и далее Split Channels проводим разделение цветного изображения на три канала – зеленый, красный и синий, каждый из которых будет изображен в оттенках серого. Так как в люминесцентной микроскопии окрашенные бактерии испускают свечение зеленых тонов, далее работаем только с зеленым (Green) каналом. С помощью специального модуля для учета количества вирусов и бактерий ITCN (в меню Plugins) проводим автоматический подсчет белых пятен на изображении. Способ № 2. Использование модуля Find Maxima (меню Process). В поле Noise Tolerance указывают минимальное значение локального максимума – все объекты на изображении меньше указанного не будут учитываться. Пункт Preview point selection позволяет подсчитать количество локальных максимумов (в нашем случае это и есть микробы) и выводит их число внизу окна. Рисунок 4. Подсчет модулем Find Maxima. Крестики – микроорганизмы или их колонии подсвеченные ультрафиолетовым излучением. Численность микроорганизмов, млрд клеток Рисунок 2. Применение ITCN-плагина для подсчета клеток. Количество микроорганизмов, определенное двумя данными способами, варьировалось в диапазоне 3, 5 -5, 9 млрд клеток/г почвы в зависимости от дозы Pb (Рисунок 5). Способ № 1 показал наилучшие результаты. Численность бактерий для него была выше на 10 -24%, чем при подсчете Способом № 2. 7 6 1 1 2 5 1 2 1 2 2 4 1 2 3 2 1 0 0 32 100 500 2000 5000 Дозы Pb, мг/кг Рисунок 1. Почва, окрашенная и не окрашенная флуорохромом, под микроскопом в УФ-свете. Рисунок 3. Результаты применения ITCN-плагина для подсчета клеток. Красные точки – микроорганизмы, учитываемые плагином. Рисунок 5. Влияние различных доз свинца на численность микроорганизмов в серой лесной почве. (1, 2 – способ учета микроорганизмов)
Скачать презентацию Численность бактерий в почвах загрязненных свинцом по результатам
СТЕНД.pptx