BLAST
http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/
Step 2: Choose the BLAST program
Форматы файлов, используемых в биоинформатике FASTA >roa 1_drome Rea guano receptor type III >> 0. 1 MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDV VVMKDPRTKRSRGFGFITYSHSSMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATV KKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHFGNIVDNIVIDKETGKKRGFAFVEFDDYDPVDKVVLQ KQHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGN WNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNF GGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNY GNNQGFNNGGNNRRY >roa 2_drome Rea guano ligand MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDV VVMKDPTSTSTSTSTMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVK KLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHLLLLLLLDLLLLDLLLFVEFDDYDPVDKVVLQK QHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNW NNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFG GGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYG NNQGFNNGGNNRRY
Step 3: choose the database nr = non-redundant (most general database) dbest = database of expressed sequence tags dbsts = database of sequence tag sites gss = genomic survey sequences protein databases nucleotide databases
Step 4 a: Select optional search parameters organism Entrez! algorithm page 107
Этап 4 a: Изменения необязательных параметров Максимальное кол-во выравниваний в выдаче Вероятность нахождения последовательностей с таким же скором по случайным причинам Scoring matrix
Этап 4 a: Изменения необязательных параметров Автоматическая подстройка под параметров под короткие последовательности Для белка стандартно - 3, можно установить 2 для короткого белка, или 4 -5 для более точного поиска Автоматическая подстройка под контекстные особенности организмов (GC состав)
Этап 4 a: Изменения необязательных параметров Замаскировать low-complexity районы
Задание на дом Провести BLAST последовательности Определить гомологов Определить потенциальную функцию белка Дать статистическую оценку найденным гомологам
