Анализ опубликованных последовательностей SOIV апрель-май 2009 г

Анализ опубликованных последовательностей SOIV (апрель-май 2009 г. )

Состояние на 05. 2009 20: 00 мск • 1490 случаев в 21 стране • 57 штаммов из 11 стран США – 22 Канада – 9 Мексика – 7 Испания – 4 Италия – 4 Израиль – 4 Новая Зеландия - 3 Германия – 1 Швейцария – 1 Нидерланды – 1 Дания – 1

Полностью секвенированы геномы: • • • A/California/04/2009 (выделен 01. 04. 2009) A/California/06/2009 (выделен 16. 04. 2009) A/Mexico/4604/2009 (выделен 19. 04. 2009) A/New York/18/2009 (выделен 25. 04. 2009) A/Canada-ON/RV 1527/2009 A/Mexico/In. DRE 4487/2009

Характеристика HA • Идентичность нуклеотидных последовательностей секвенированных штаммов составляет 98, 8% • Вариабельные позиции в аминокислотных последовательностях: L 32 I (два испанских штамма), S 83 P (большинство штаммов из Калифорнии), S 203 T (все штаммы из Нью-Йорка).

Характеристика HA • Наибольшее сходство (95%) с A/swine/Indiana/P 12439/00 (H 1 N 2) – типичный представитель североамериканской линии «свиного гриппа» (с 1999 г. ) - тройной реассортант 26 ак замен (Из Olsen, 2002) • A/Wisconsin/10/1998 (H 1 N 1) (92%) – тройной реассортант (полимераза – от человека (PB 1) и птицы (PB 2, PA)) – 20 ак замен (в неполной последовательности)

Сравнение с A/Brisbane(H 1 N 1)-подобными штаммами • Гомология со штаммом А/Brisbane/59/2007 (H 1 N 1), рекомендованным ВОЗ в качестве вакцинного, по последовательности НА составила 79% • Отличия 103 аминокислотных замены >30 из них в антигенных сайтах >20 из них существенны инсерция 1 а. о. (K) между 129 и 130 А/Brisbane/59/2007 появление сайта гликозилирования в положении 276 11 23 87 276 481 A/California/4/2009 NST NVT NGT NTT NGT A/Brisbane (H 1 N 1) like NST NVT NGT DAK NGT (Нет!)

Сравнение с A/swine/New Jersey/11/76 • Гомология HA штаммов А/California/04/09 и А/Texas/05/09 с HA штамма A/swine/New Jersey/11/76, составляет 90% • Отличия 35 аминокислотных замен 14 из них – в антигенных сайтах

Характеристика NA • Идентичность нуклеотидных последовательностей секвенированных штаммов составляет 94, 2% • Вариабельные позиции в аминокислотных последовательностях: S 95 G (A/California/06/2009), V 106 I, N 248 D (все штаммы из Нью-Йорка и Огайо).

Характеристика NA • Наибольшее сходство (94%) с A/Swine/England/195852/92 (H 1 N 1) – представитель евразийской линии «свиного гриппа» . N 1 свиная птицеподобная (avian-like) • A/Thailand/271/2005 (H 1 N 1) (90%) – возбудитель заболевания у 4 -летнего мальчика (ринорея, миалгия, повышенная температура тела). Все сегменты генома от евразийской линии «свиного гриппа» , кроме NS (от североамериканской).

Сравнение с A/Brisbane(H 1 N 1)-подобными штаммами • Гомология со штаммом А/Brisbane/59/2007 (H 1 N 1), рекомендованным ВОЗ в качестве вакцинного, по последовательности НА составила 77, 3% • Отличия 87 аминокислотных замен делеция 1 а. о. T 436 del A/Brisbane/59/2007

Reid A. H. , Fanning T. G. , Janczewski T. A. Taubenberger J. K. Characterization of the 1918 ‘‘Spanish’’ influenza virus neuraminidase gene // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. Vol. 97. P. 6785 -6790 Strain 74 77 79 81 84 188 264 267 285 287 307 344 352 F/L E A A T I V V A E N Y K Sw/Eng/92 F E T V K I V V S E N N K Brevig/18 V G D T I M T I T K D N R Human, old V G D T I M T I T K D N R Swine, old I G D T I M I I T K D N R Human, new V G D T T M T I T T N D R Swine, new I G D T I M I I T K D N R SOIV 2009 F G S V K I V V S E N N K Location: St St S I S S S I S Avian