Лекция 3 Аминокислоты белки.pptx
- Количество слайдов: 31
Аминокислоты, пептиды и белки
Структура и стереохимия аминокислот Нумерация углерода в а. к. Абсолютная конфигурация Классификация а. к. по боковым группам
«Нестандартные» аминокислоты
Неионная и биполярная формы а. к. Кривая титрования а. к. Кривые титрования а) глутаминовой кислоты и б) гистидина
Образование пептидной связи Пентапептид: серил-глицил-тирозил-алаинл-лейцин Пептид с ионизированными боковыми группами Молекулярные характеристики некоторых белков
Классификация белков
Трехмерная структура белка α-спираль
Простые мотивы
Классификация белков с использованием структурных мотивов Где содержится информация о вторичной структуре белка?
Секвинирование полипептидной цепи
Специфичность ферментов к расщепляемой пептидной связи
Пример секвенирования белка
Методы выделения, очистки и разделения белков Колоночная хроматография
Электрофорез белков Определение молекулярной массы белка
Изоэлектрофокусирование Двумерный электрофорез
Масс-спектрометрия белков Очень упрощенная схема масс-спектрометра
Масс-спектрометрия белков Очень упрощенная схема масс-спектрометра
Тандемная масс-спектрометрия для определения последоательности
Схема МАЛДИ
Types of MS/MS instruments MS/MS in space N 2 Inlet RF Ion Guide Q 1 Q 2 Collision Cell Q 3 Detector MS/MS in time All the ions from the source are directed into the trap detector
Времяпролетный анализатор e. V = mv 2/2 или m = 2 e. V/v 2 Время достижения ионом детектора можно рассчитать по формуле: Схема линейного времяпролетного масс-спектрометра
Схема времяпролетного масс-спектрометра с рефлектроном
Принципиальная схема метода ортогонального ускорения: а) выталкивающий электрод выключен, б) выталкивающий электрод включен
Тандемная масс-спектрометрия в секвенировании Принцип МС/МС ВЭЖХ Введение пробы, ионизация МС 1, выбор ионапредшественника Камера соударений МС 2, регистрация ионов-продуктов Преимущества: 1. Непревзойденная чувствительность (ф. М – рабочие концентрации) 2. Возможность работы со смесями 3. Анализ посттрансляционных модификаций
Определение заряда пептида
Кластер октапротонированной молекулы пептида [M + 8 H]8+ с моноизотопной молекулярной массой 4813, 6974 единиц
Типы разрывов пептидной цепи и обозначение ионов, образующихся при фрагментации протонированных молекул пептидов
Стратегия de novo секвенирования пептидов в ручном режиме Найти иммониевые ионы в области низких значений m/z Найти пару ионов b 2 -a 2 в области низких значений m/z Найти y 1 -ион в области низких значений m/z Идентифицировать ион у n-1 в области высоких значений m/z Максимально расширить серии у-ионов в область низких значений m/z и b-ионов в область высоких значений m/z • Рассчитать массу пептида • Сверить полученный аминокислотный состав пептида с его спектром (соответствие иммониевых ионов и заряда пептида с установленной структурой) • Идентифицировать все ионы в спектре, т. е. увязать все интенсивные пики спектра с полученной структурой пептида. Обратить внимание на нейтральные потери в виде Н 2 О, NH 3, HSOCH 3. ; на присутствие двухзарядных ионов и другие возможные разрывы • • •
250 species Tree-frogs Toads Spadefoots True frogs, etc. 12 frog species of Ranidae family in Russia Rana arvalis Terra incognita Rana ridibunda Electrostimulation Multi component peptide mixture
R. arvalis 2 D mass map PLLVSKLVC*VVTKKC* FVPLLVSKLVC*VVTKKC* Anal. Chem. , 2009, 81 (10), pp 3738– 3745
Лекция 3 Аминокислоты белки.pptx