31 10 13 1 пара Он-лайн ресурсы

31. 10. 13 1 пара: Он-лайн ресурсы структурной биоинформатики. Программы и онлайн сервисы: pdb viewer/visualize, Py. MOL, Discovery Studio. Введение в структурную биоинформатику. 2 пара: Модуль № 1. • 7. 11. 13 1 пара: Работа над ошибками. Вспоминаем - уровни организации белка. Методы реконструкции пространственной структуры биополимеров. 2 пара: Хемоинформационный поиск(Zink, Pub. Chem он-лайновые). Выдать темы семинаров. • 14. 11. 13 1 пара: Моделирование низкомолекулярных веществ. Взаимодействие белков с низкомолекулярными соединениями(принцип, механизм, перестройка при докинге или динамике). Типы молекулярного докинга. 2 пара: он-лайн сервисы и программы для реконструкции - ICM, Hyper. Chem. • 21. 13 1 пара: Cиловые поля. Подготовка топологи низкомолекулярных веществ для разных силових полей. 2 пара: программы для докинга - (Auto. Dock, HEX (+CUDA), Gold ) и для подготовки - (Pro. DRG, Charm|swissparam, Amber|Amber. TOOLS) Modeler, Gausian, Сhimera. • 28. 11. 13 1 пара: Модуль № 2. 2 пара: Основы молекулярной динамики. Белки, полинуклеотиды. Методы анализа. • 5. 12. 13 1 -2 пара: Использование пакета GROMACS для расчётов молекулярной динамики с элементами постановки задач в GRID. Cравнение данных МД с ЯМР и обработка результатов, VMD/NOC. Взаимосвязь ресурсов, баз данных и программного обеспечения. • 12. 13 1 пара: Поиск по базам научной литературы. 2 пара: - Модуль № 3 • 19. 12. 13 1 пара - Лекция Карпова. 2 пара: СЕМИНАР(доклады, рефераты(реферат+защитить)), подтягивание хвостов по контрольным • 26. 12. 13 Зачет

https: //www. youtube. com/watch? v=CJEZydl. XQp 4 https: //www. youtube. com/watch? v=BKy 2 l_Hpg. EU#t=74 1 MEALGFLKLEVNGPMVTVALSVALLALLKWYSTSAFSRLEKLGLRHPKPSPFIGNLTFFR 1 MMTTSLIW----GIAIAACCCLWLILGIRRRQTGE-PPLEN-GL-----IPYLG----CA

http: //noch. sourceforge. net/ 1 MEALGFLKLEVNGPMVTVALSVALLALLKWYSTSAFSRLEKLGLRHPKPSPFIGNLTFFR 1 MMTTSLIW----GIAIAACCCLWLILGIRRRQTGE-PPLEN-GL-----IPYLG----CA

1 MEALGFLKLEVNGPMVTVALSVALLALLKWYSTSAFSRLEKLGLRHPKPSPFIGNLTFFR 1 MMTTSLIW----GIAIAACCCLWLILGIRRRQTGE-PPLEN-GL-----IPYLG----CA

Пионеры биоинформатики Лайнус Полинг 1962 • Анализ аминокислотных последовательностей глобинов нескольких позвоночных • Гипотеза молекулярных часов Маргарет Дейхофф 1965 • Однобуквенный код аминокислот A, C, D, E, F, G, H… • Матрицы аминокислотных замен PAM (Point Accepted Mutation) описание 65 ! последовательностей белков 1965 -1978 Атлас последовательностей белков и их структур (1965) 1 MEALGFLKLEVNGPMVTVALSVALLALLKWYSTSAFSRLEKLGLRHPKPSPFIGNLTFFR 1 MMTTSLIW----GIAIAACCCLWLILGIRRRQTGE-PPLEN-GL-----IPYLG----CA

Ttttacctctttttagtgatattgtgatatagagcaaaaatcccgacattgtgtcgggattgtttttaaactcttgttgattttaatttttcaatcgcttctttattaaagaagtagtgtgtgccacaacactcacat tgcatatcaatacggcctttatgttcggctaatatttcgtcaatttcttcatcagagatgagcagtagatgcagaactagaacgctcagcagccacagaaaaattgtacatcttgtgctggataaag attaacggtttcttcgtgatataaacgataggagtaactcttctgcagggagaccaaataattcttcatcttttactgttgctgcgagcgtagttaaatgctcaaaatcttctggtgtaccagaaccatcaggc ataatttgtaataacatacctgctgccactggcttgccttcatattctccagtacgaataattgagtttgaagactcatattttcagtgaagtttcgatcgcccttaggaggggccgcgctttctctttcaa >28 500 000 п. н. в 22 000 последовательностях Gen. Bank EMBL DDBJ компьютерный поиск гена, трансляция и компьютерная аннотация Базы данных научной литературы 1 100 000 последовательностей Uni. Parc (Uni. Prot Archive) PIR-PSD 1 MEALGFLKLEVNGPMVTVALSVALLALLKWYSTSAFSRLEKLGLRHPKPSPFIGNLTFFR 1 MMTTSLIW----GIAIAACCCLWLILGIRRRQTGE-PPLEN-GL-----IPYLG----CA Экспертиза 140 000 последовательностей Protein Data Bank

Поиск по базам научной литературы Знание состоит не столько в запасе сведений, сколько в умении найти их! Более 200 общедоступных и коммерческих БД по биологии, медицине и смежным отраслям: библиографических, реферативных, полнотекстовых Полнотекстовые БД - полный текста первоисточника с глубоким индексированием всех слов документа, возможностью эффективного поиска информации по ключевым словам! - Доступны в любое время суток с любой точки, подключенной к сети Internet - Представляют профессиональный интерес для 80 % специалистов в области биологии Делаем – как знаем, получаем – как делаем Роберт Энтони 1 MEALGFLKLEVNGPMVTVALSVALLALLKWYSTSAFSRLEKLGLRHPKPSPFIGNLTFFR 1 MMTTSLIW----GIAIAACCCLWLILGIRRRQTGE-PPLEN-GL-----IPYLG----CA

БД мировых издательств Springer. Link Blackwell Publishing Elsevier PROQUEST http: //link. springer. de http: //www. blackwellpublishing. com http: //www. elsevier. com http: //www. proquest. com Pub. Med http: //www. ncbi. nlm. nih. gov/pubmed/ Agora http: //www. aginternetwork. org/en/journals EBSCO http: //search. ebscohost. com HINARI http: //extranet. who. int/hinari/en/journals. php E-library elibrary. ru High. Ware http: //highwire. stanford. edu/ 1 MEALGFLKLEVNGPMVTVALSVALLALLKWYSTSAFSRLEKLGLRHPKPSPFIGNLTFFR 1 MMTTSLIW----GIAIAACCCLWLILGIRRRQTGE-PPLEN-GL-----IPYLG----CA

Практические рекомендации по поиску информации • • • Определите ключевые слова Уточните терминологию по стандартным рубрикаторам ключевых слов (Me. SH www. pubmed. gov) или online-тезаурусам БД Не исключайте синонимы. Для их группировки используйте логический оператор OR Помните о различные вариантах написания слов. Используйте символы округления или замещающие символы (* ? ! $), чтобы находить различные окончания слов Используйте ограничения поиска: по языку, дате, типу публикаций и пр. Определите БД или ресурс в соответствии с характером запроса, тематики и/или целей поиска. Если вы ищите информацию о практическомздравоохранении, стоит начать поиск с Библиотеки Cochrane. Для поиска информации как научно-исследовательского, так и практического характера более всего подходит Pub. Med. Onlinе-энциклопедии могут быть полезны в поиске обобщающей информации (для введения или обзора) Просмотрите найденные ссылки и измените стратегию поиска. Для повторного поиска используйте термины из названий ранее найденных источников 1 MEALGFLKLEVNGPMVTVALSVALLALLKWYSTSAFSRLEKLGLRHPKPSPFIGNLTFFR 1 MMTTSLIW----GIAIAACCCLWLILGIRRRQTGE-PPLEN-GL-----IPYLG----CA