1
Строение белка -субъединицы интерлейкина 8 (разная степень схематизации) 1 – атомная модель 2 – срез атомной модели 3 – скелетная модель 4 – ход главной цепи 5 – схема строения белка (топология белковой глобулы) 6 – структурный каркас белка (архитектура упаковки - и β-сегментов в глобулу) 2
Упрощенные представления белковых структур Детальная укладка ( «fold» ) Мотив укладки ( «folding pattern» ) Упаковка: штабель ( «stack» ) 3
Fab-фрагмент иммуноглобулина А 6
Схематическое изображение -листа и одного витка -тяжа (а) Скрученность -листа. -тяжи изображены стрелками, водородные связи между ними — голубыми линиями. (б) Схематическое изображение одного витка -тяжа, вид с торца. Кружки — боковые группы; их номера возрастают по мере удаления. Голубые линии указывают направление С=О групп, завязывающих Н-связи в листе. Большая стрелка — поворот -тяжа приближении к нам на один остаток. Малая стрелка — поворот направленных в одну сторону водородных связей приближении к нам на два остатка. 7
Схема хода цепи и расположения водородных связей в β-структуре • 8
Нерегулярные вторичные структуры: -изгибы -изгиб типа II 9
Лист -структуры Вид поперек -тяжей Вид вдоль -тяжей 10
Упаковка -листов Ортогональная (угол поворота около 90 о, гидрофобное ядро цилиндр. формы) Продольная (угол поворота -30 о, гидрофобное ядро плоское) 11
Наиболее часто встречающиеся типы укладки β-листов 12
Пример ортогонально упакованного -листа Ретинол-связывающий белок (β-цилиндр, или β-бочонок) 13
«Греческий ключ» 14
Ортогональная упаковка -листа с различной топологией Мотив укладки цепи в сериновой протеазе типа химотрипсина β-цилиндр Мотив укладки цепи в кислой протеазе 15 типа пепсина
Примеры продольной упаковки -листов. Мотивы укладки цепи в домене -кристаллина, в β-домене белка – катаболического активатора (САР) и в белке оболочки сателлитного вируса некроза табака. β-сэндвич 16
Продольная упаковка -листов в константном домене легкой цепи æ иммуноглобулина 5 4 Топологическая схема β-сэндвич Вид «снизу» 17
-Cтруктура в форме “шестилопастного пропеллера” в нейраминидазе Суперцилиндр, сложенный из β-сэндвичей 18
-Призмы (или β-спирали) Ацилтрансфераза Пиктатлиаза С Это белки, сложенные из чисто параллельной β-структуры, что встречается редко! 19
Антипараллельные -шпильки Преимущественно антипараллельный характер β-листов в β-белках тесно связан с тем, что их архитектура основана на β-шпильках. Возможные топологии листов из четырех -участков «меандр» два «греческих ключа» 20
Различные пространственные “abcd”структуры Ефимова с топологией греческого ключа Все такие характерные, часто встречающиеся в белках структуры (шпильки, меандр, греческий ключ, abcd-структуры и т. д. ), сложенные из соседних по цепи элементов β (и/или ) структуры, часто называют "супервторичными" структурами. 21
Комплекс эритропоэтина с рецептором. 23
Дефенсин HNP-3 25
Скачать презентацию 1 Строение белка -субъединицы интерлейкина 8 разная
02_Proteins_Beta_2015.ppt