Скачать презентацию 1 Secondary structure Конформация основной цепи Скачать презентацию 1 Secondary structure Конформация основной цепи

seminar 2.ppt

  • Количество слайдов: 51

1. Secondary structure 1. Secondary structure

Конформация основной цепи Конформация основной цепи

Конформация основной цепи Конформация основной цепи

Двугранные углы http: //visu. uwlax. edu/Bio. Chem/Rotate. mov Двугранные углы http: //visu. uwlax. edu/Bio. Chem/Rotate. mov

Карта Рамачандрана H -- H 2. 0 Å, C--C 3. 0 Å H -- Карта Рамачандрана H -- H 2. 0 Å, C--C 3. 0 Å H -- H 1. 9 Å, C--C 2. 9 Å

Карты Рамачандрана для индивидуальных АК остатков Карты Рамачандрана для индивидуальных АК остатков

Карта Рамачандрана Карта Рамачандрана

Конформация боковой цепи Пример: ротамеры Arg Конформация боковой цепи Пример: ротамеры Arg

-спираль -спираль

Leu Leu

310 спираль 310 спираль

Изолированная β-цепь Изолированная β-цепь

β-слой β-слой

β-слой β-слой

β-слой β-слой

β-слой β-слой

β-слой β-слой

Межмолекулярный β-слой Межмолекулярный β-слой

Multilayered β-structures Multilayered β-structures

Multilayered β-structures Микроструктура волокна неплотные β-регионы Gly-богатые повторы (неупоряд. ) Структура поли-Ala региона спидроина Multilayered β-structures Микроструктура волокна неплотные β-регионы Gly-богатые повторы (неупоряд. ) Структура поли-Ala региона спидроина «кристаллические» регионы (β-складчатые слои) [GAGAGSGAAG[SGAGAG]8 Y] Science (1996) 271: 84 -87

Переукладка -спиралей в β-структуру Переукладка -спиралей в β-структуру

Амилоидный пептид: агрегация за счет пересворачивания в β-структуру Амилоидный пептид: агрегация за счет пересворачивания в β-структуру

β-повороты (изгибы) β-повороты (изгибы)

Классификация β-поворотов Type phi(i+1) psi(i+1) phi(i+2) psi(i+2) I -60° -30° -90° 0° I' 60° Классификация β-поворотов Type phi(i+1) psi(i+1) phi(i+2) psi(i+2) I -60° -30° -90° 0° I' 60° 30° 90° 0° II -60° 120° 80° 0° II' 60° -120° -80° 0° VIa -60° 120° -90° 0° VIb -120° 120 -60° 0° VIII -60° -30° -120°

-поворот -поворот

Статистика расположения АКО в элементах IIº Статистика расположения АКО в элементах IIº

CD-спектр в дальней УФ области CD-спектр в дальней УФ области

2. Structure visualization 2. Structure visualization

lines lines

bonds bonds

VDW spheres VDW spheres

Ball-and-stick Ball-and-stick

Trace Trace

Tube Tube

Cartoon Cartoon

Coloring by molecule Coloring by molecule

Coloring by Index (residue number) Coloring by Index (residue number)

Coloring by secondary structure Coloring by secondary structure

Java-рисовалка карт Рамачандрана: http: //www. charite. de/ch/medgen/compgen/ramachandran/ База данных конформационных углов: http: //cluster. physics. Java-рисовалка карт Рамачандрана: http: //www. charite. de/ch/medgen/compgen/ramachandran/ База данных конформационных углов: http: //cluster. physics. iisc. ernet. in/cadb/ Secondary structure prediction servers: http: //www. compbio. dundee. ac. uk/www-jpred/ http: //bioinf. cs. ucl. ac. uk/psipred/ http: //sable. cchmc. org/ http: //www. ibi. vu. nl/programs/yaspinwww/ Animation from pdb files: http: //www. glycosciences. de/modeling/pdb 2 mgif/

Homework #2: a) Make a picture of any protein focusing on some typical element Homework #2: a) Make a picture of any protein focusing on some typical element of secondary structure. H-bonds representing the structural element should be shown (in the same or separate Figure). b) Make a picture of a Ramachandran plot of the residues involved in the element drawn in the previous picture.