ВЗАЄМОДІЇ ПРОТЕЇН-ПРОТЕЇН – МІШЕНІ ЛІКАРСЬКИХ ЗАСОБІВ
БІОЛОГІЧНІ МІШЕНІ ЛІКАРСЬКИХ ЗАСОБІВ (Drug. Bank, травень 2009, 1542 л/з) НОВІ МІШЕНІ? PPI! 2
ВЗАЄМОДІЇ ПРОТЕЇН-ПРОТЕЇН (PPI): КЛАСИФІКАЦІЯ - ОБОВ’ЯЗКОВІ/НЕОБОВ’ЯЗКОВІ - ТИМЧАСОВІ/ПОСТІЙНІ ЧЕТВЕРТИННА СТРУКТУРА - ГОМО-/ГЕТЕРООЛІГОМЕРИ - ДИ-/ТРИ-/ТЕТРА-/…-МЕРИ - ПОПАРНІ / ЗІ СКАФФОЛДНИМ ПРОТЕЇНОМ - МЕТАБОЛІЧНІ ТА СИГНАЛЬНІ ЛАНЦЮГИ / МОРФОГЕНЕТИЧНІ ЛАНЦЮГИ / СТРУКТУРНІ КОМПЛЕКСИ ТА МАКРОМОЛЕКУЛЯРНІ МАШИНИ 3
ПОВЕРХНЯ PPI - «СТАНДАРТНЕ» ЗНАЧЕННЯ ПЛОЩІ ПОВЕРХНІ – 1600 400 Å2 - ПЛОЩИННІСТЬ ~ 3 Å (ПОВЕРХНЯ Є ПЛОСКОЮ) - ЕЛІПТИЧНІСТЬ ~ 0. 70 - ІНДЕКС ОБ’ЄМУ ЩІЛИНИ (GVI) ~ 2– 2. 5 Å - ЗБАГАЧЕНІ ГІДРОФОБНИМИ АМІНОКИСЛОТАМИ ТА ARG - ОДИН БЕЗПОСЕРЕДНІЙ ВОДНЕВИЙ ЗВ’ЯЗОК НА 200 Å2 НЕЗВАЖАЮЧИ НА ВЕЛИКУ ПОВЕРХНЮ, КЛЮЧОВИМИ Є ЛИШЕ ДЕКІЛЬКА ЗАЛИШКІВ АМІНОКИСЛОТ (“ГАРЯЧІ ТОЧКИ”) 4
МЕТОДИ ВИВЧЕННЯ PPI БІЛЬШЕ ЧОТИРЬОХ ДЕСЯТКІВ МЕТОДІВ - ГЕНЕТИЧНІ ДРІЖЖОВИЙ ДВОГІБРИДНИЙ (Y 2 H) СКРИНІНГ ФАГОВЕ ВІДОБРАЖЕННЯ - БІОХІМІЧНІ СПІВІМУНОПРЕЦИПІТАЦІЯ ТАНДЕМНЕ АФІННЕ ОЧИЩЕННЯ (TAP) - ФІЗИЧНІ РЕНТГЕНОСТРУКТУРНІ ДОСЛІДЖЕННЯ - ТЕОРЕТИЧНІ (РОЗРАХУНКОВІ ТА СТАТИСТИЧНІ) 5
ДРІЖЖОВИЙ ДВОГІБРИДНИЙ (Y 2 H) СКРИНІНГ Lac. Z – ген-репортер, що кодує галактозидазу. При рості у середовищі, що містить X-Gal (5 -бромо 4 -хлороіндоліл-β-D-галактопіранозид), клітини забарвлюються у синій колір GAL 4 – фактор транскрипції; утворений зв’язуючим (BD) та активуючим (AD) доменами. UAS (upstream activating sequence) – активуюча послідовність, місце зв’язування фактору транскрипції Bait – протеїн- «приманка» Prey – протеїн- «здобич» 6
ФАГОВЕ ВІДОБРАЖЕННЯ 7
СПІВІМУНОПРЕЦИПІТАЦІЯ 8
ТАНДЕМНЕ АФІННЕ ОЧИЩЕННЯ (TAP) Ig. G – імуноглобулін G TEV protease – протеаза вірусу травлення табаку EGTA – етиленглікольтетраоцтова кислота 9
ІНТЕРАКТОМ ЛЮДИНА: ВІДОМО >250 тис. PPI (Uni. HI Database, 2012) ПЕРЕДБАЧЕНО >650 тис. PPI (2008) 10
ІНГІБІТОРИ PPI 11
СТАБІЛІЗАТОРИ PPI 12
ПРИКЛАДИ: ПРОТИПУХЛИННІ ПРЕПАРАТИ НАВІТОКЛАКС ФАЗА І/ІІ ПРОТИПУХЛИННИЙ ПРЕПАРАТ МЕХАНІЗМ ДІЇ: впливає на PPI протеїнів сімейства BCL-2 (зокрема, BCL-2 та BCL-XL з BIM), що беруть участь у мітохондріальному контролі апоптозу 13
14
ПРИКЛАДИ: ПРОТИПУХЛИННІ ПРЕПАРАТИ МЕХАНІЗМ ДІЇ: за алостеричним механізмом впливають на PPI протеїнів MDM 2 та р53, що діє як «захисник геному» JNJ-26854165 СЕРДЕМЕТАН ФАЗА І ? ? ? (СПОЛУКА РЯДУ ІМІДАЗОЛІНІВ) RG 7112 ФАЗА І 15
ПРИКЛАДИ: ПЕПТИДИ/ПРОТЕЇНИ ТРАСТУЗУМАБ (моноклональне антитіло) ПРОТИПУХЛИННИЙ ПРЕПАРАТ МЕХАНІЗМ ДІЇ: інгібує димеризацію HER 2 – кіназного рецептора, що промотує проліферацію 16
17
Скачать презентацию ВЗАЄМОДІЇ ПРОТЕЇН-ПРОТЕЇН МІШЕНІ ЛІКАРСЬКИХ ЗАСОБІВ БІОЛОГІЧНІ
07_PPI.ppt