Increased Frequency of Cysteine, Tyrosine, and Phenylalanine Residues

Скачать презентацию Increased Frequency of Cysteine, Tyrosine, and Phenylalanine Residues Скачать презентацию Increased Frequency of Cysteine, Tyrosine, and Phenylalanine Residues

increased_frequency_of_cys_tyr_phe.ppt

  • Размер: 2.1 Mегабайта
  • Количество слайдов: 10

Описание презентации Increased Frequency of Cysteine, Tyrosine, and Phenylalanine Residues по слайдам

Increased Frequency of Cysteine, Tyrosine, and Phenylalanine Residues Since the Last Universal Ancestor Увеличение частоты цистеина,Increased Frequency of Cysteine, Tyrosine, and Phenylalanine Residues Since the Last Universal Ancestor Увеличение частоты цистеина, тирозина и фенилаланина со времен последнего универсального общего предка ( LUA)Dawn J. Brooks and Jacques R. Fresco T he Department of Molecular Biology, Princeton University, Princeton, New Jersey 08544 Тихонов Андрей Владимирович Кафедра генетики СПб. ГУ

Last Universal Ancestor (( LUA) 2  Last Universal Ancestor (( LUA)

Виды, взятые в исследование : : Aquifex aeolicus ,  Aae ;  Archaeoglobus fulgidus ,Виды, взятые в исследование : : Aquifex aeolicus , Aae ; Archaeoglobus fulgidus , Afu; Aeropyrum pernix , Ape; Bacillus subtilis , BAC ; Chlamydia pneumoniae , CLA; Campylobacter jejuni , Cje ; Deinococcus radiodurans , Dra; Escherichia coli K 12 , ENT; Helicobacter pylori J 9 , HPY; Halobacterium sp. NRC-1 , Hbs; Haemophilus influenzae , Hin ; Mycoplasma pneumoniae , MYC ; Methanococcus jannaschii , Mja ; Methanobacterium thermoautotrophicum , Mth; Mycobacterium tuberculosis , Mtu ; Neisseria meningitidis , Nme; Pseudomonas aeruginosa , Pae; Pyrococcus horikoshii , Pyr; Rickettsia prowazekii , Rpr ; Borrelia burgdorferi , SPI; Saccharomyces cerevisiae , Sce; Synechocystis PCC 6803, Ssp; Thermoplasma acidophilum , Tac; Thermotoga maritima , Tma; Vibrio cholerae , Vch; Xylella fastidiosa , Xfa. 319 бактерий + 6 архей + 1 эукариот = 26 видов

Набор белков,  включенных в исследование 59 семейств COG ( c lusters of o rthologous gНабор белков, включенных в исследование 59 семейств COG ( c lusters of o rthologous g roups)

Частота каждой аминокислоты в исследованных видах 5  Частота каждой аминокислоты в исследованных видах

Относительная изменчивость аминокислот согласно Dayhof  et al. , 1978; Jones et al. , 1, 1Относительная изменчивость аминокислот согласно Dayhof et al. , 1978; Jones et al. , 1, 1 99 99 22 ; Gonnet et al. ,

The probability of observing amino acid jj  in a specific genome : :  whereThe probability of observing amino acid jj in a specific genome : : where i represents each codon assigned to amino acid j ; xi , yi , and zi represent the frequency of occurrence of the first, second, and third nucleotides, respectively, of codon i within coding sequences of that genome; and λ is a constant such that the sum over all amino acids is equal to one. The normalization constant λ compensates for probabilities assigned to stop codons.

Частота Cys, Tyr, Phe (наблюдаемая и предсказанная) у 26 исследованных видов 8  Частота Cys, Tyr, Phe (наблюдаемая и предсказанная) у 26 исследованных видов

Сравнение частот Cys, Tyr и и Phe  Frequency of Cys is significantly less than thatСравнение частот Cys, Tyr и и Phe Frequency of Cys is significantly less than that predicted in all 26 species (p << 0. 01), the mean over all species being 1/3 of that predicted. Frequency of Tyr is less than predicted in only 15 of the species (p = 0. 28, which is not statistically significant), and the mean observed frequency of Tyr 0. 0335, is close to that predicted, 0. 0358. Frequency of Phe is higher than predicted in 25 species (p << 0. 01), the mean observed frequency, 0. 0437, being 40% higher than predicted.

 Принято считать, что Cys ,  Tyr ,  Phe  появились в генетическом коде Принято считать, что Cys , Tyr , Phe появились в генетическом коде позже других. Эти кодоны вводились в генетический код постепенно. Вероятно, что увеличение частоты Cys продолжается до сих пор, и еще не достигнута его равновесная частота. С другой стороны, частота Phe превысила частоту, предсказанную теорией нейтральной эволюции. Наблюдается положительный отбор для Phe , который изначально встречался крайне редко. То же самое можно утверждать и про Tyr , наблюдаемая частота которого существенно не отличается от предсказанной, согласно теории нейтральной эволюции.




  • Мы удаляем страницу по первому запросу с достаточным набором данных, указывающих на ваше авторство. Мы также можем оставить страницу, явно указав ваше авторство (страницы полезны всем пользователям рунета и не несут цели нарушения авторских прав). Если такой вариант возможен, пожалуйста, укажите об этом.