1 21 – атомная модель 2 –

21 – атомная модель 2 – срез атомной модели 3 – скелетная модель 4 – ход главной цепи 5 – схема строения белка (топология белковой глобулы) 6 – структурный каркас белка (архитектура упаковки — и β — сегментов в глобулу)Строение белка -субъединицы интерлейкина 8 ( разная степень схематизации)

3 Упрощенные представления белковых структур Детальная укладка ( « fold » ) Мотив укладки ( « folding pattern » ) Упаковка: штабель ( « stack » )

6 Fab- фрагмент иммуноглобулина А

7 Схематическое изображение -листа и одного витка -тяжа (а) Скрученность -листа. -тяжи изображены стрелками, водородные связи между ними — голубыми линиями. (б) Схематическое изображение одного витка -тяжа, вид с торца. Кружки — боковые группы; их номера возрастают по мере удаления. Голубые линии указывают направление С=О групп, завязывающих Н-связи в листе. Большая стрелка — поворот -тяжа приближении к нам на один остаток. Малая стрелка — поворот направленных в одну сторону водородных связей приближении к нам на два остатка.

8 • Схема хода цепи и расположения водородных связей в β -структуре

9 Н ерегулярн ые вторичн ые структур ы : -изгибы -изгиб типа II

10 Лист -структуры Вид поперек -тяжей Вид вдоль -тяжей

11 Упаковка -листов Ортогональная (угол поворота около 90 о , гидрофобное ядро цилиндр. формы) Продольная (угол поворота -30 о , гидрофобное ядро плоское)

12 Наиболее часто встречающиеся типы укладки β -листов

13 Пример ортогонально упакованного -листа Ретинол-связывающий белок ( β -цилиндр, или β -бочонок)

14 «Греческий ключ»

15 Ортогональная упаковка -листа с различной топологией Мотив укладки цепи в сериновой протеазе типа химотрипсина Мотив укладки цепи в кислой протеазе типа пепсинаβ -цилиндр

16 Примеры продольной упаковки -листов. Мотивы укладки цепи в домене -кристаллина, в β -домене белка – катаболического активатора (САР) и в белке оболочки сателлитного вируса некроза табака. β -сэндвич

17 Продольная упаковка -листов в константном домене легкой цепи æ иммуноглобулина 5 4 Топологическая схема Вид «снизу» β -сэндвич

18 — C труктура в форме “ шестилопастного пропеллера ” в нейраминидазе Суперцилиндр, сложенный из β -сэндвичей

19 -Призмы (или β -спирали) Ацилтрансфераза Пиктатлиаза С Это белки, сложенные из чисто параллельной β -структуры, что встречается редко!

20 Антипараллельные -шпильки Возможные топологии листов из четырех -участков. Преимущественно антипараллельный характер β -листов в β -белках тесно связан с тем, что их архитектура основана на β -шпильках. «меандр» два «греческих ключа»

21 Различные пространственные “abcd” структуры Ефимова с топологией греческого ключа Все такие характерные, часто встречающиеся в белках структуры (шпильки, меандр, греческий ключ, abcd -структуры и т. д. ), сложенные из соседних по цепи элементов β (и/или ) структуры, часто называют «супервторичными» структурами.

23 Комплекс эритропоэтина с рецептором.

25 Дефенсин HNP-